SPM12 初学者指南. Starter's Guide

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SPM12 初学者指南 Erno Hermans 著 李淼 译 译文版本号 201601008 （本人专业背景并非神经影像，译文中错误和疏漏难免，敬请批评指正！）
基本信息 SPM12（统计参数图）由伦敦大学学院功能影像实验室 Karl Friston 团队开发。这是一个免费和开源的软件包，在 Matlab 软件平台上运行。 本指南最早是为参加 Utrecht 大学 MSc 项目“神经科学与认知”的学生所使用的 SPM99 版本编写的。第二版升级为 SPM2，第三版为 SPM5，第四版为 SPM8，第五版即 SPM12（在 Utrecht大学/UMC 的Bas Neggers 和Mitzy Kennis 帮助下）。本指南并不全面，只介绍了 SPM12 最重要的、为完成本课程有必要掌握的功能。尽管已做了一定程度简化，阅读本指南仍需要一些背景知识以正确理解何为空间预处理和统计。 本指南未介绍的一些重要主题属于较深入或新的内容，比如 DARTEL，Bayesian inference（Bayesian 推断），dynamic causal modeling（动态因果建模）和 M/EEG functions（M/EEG 函数）。更多信息请登录 SPM 官 方 网 站 查询www.fil.ion.ucl.ac.uk/spm。 文件类型和文件选用 NIfTI-1格式 SPM12 使用一种标准 3D（有些情况下是 4D）图像格式，称为 NIfTI-1.1。每个 NIfTI 格式的图像是一个扩展名为“.nii”的文件。 “.nii”文件包括： - 一个包含图像中所有数据的位图； - 一个将位图套入 3D 坐标体系的变换矩阵（称为仿射变换：如旋转，平移，缩放和/或裁剪）。 一个时间序列（如 300）的扫描包含 300 个.nii 文件。若用 SPM 处理这些图像，一般只会改变NIfTI 文件中含有仿射变换的矩阵。需要理解的重要一点是：实际数据，即位图，是不变的，除非在处理过程的任何阶段中选用“Reslice”（重新分层）项。图像重新分层（在头动校正和写入标准化后）时，NIfTI 文件中的仿射变换矩阵会重置，计算出新的位图，生成的新文件重命名时在旧文件名字头加上一个字母（如：OLDFILE.nii 变成 rOLDFILE.nii），故旧文件不会被覆盖。 注：SPM12 也可像早先版本（SPM5 之前）一样使用 Header（.hdr）和 Image（.img）文件。在SPM12 中生成时，这些文件也跟 NIfTI 文件兼容，并包含与“.nii”图像一致的信息。这些文件与在早先版本 SPM 中使用的旧 img/hdr 文件不同。在 SPM2 或更早版本中生成的 Analysis 7.5 文件可能不能正确导入 SPM12 中，因此在一个项目中不要更换 SPM 版本。 关于 NIfTI-1.1 的更多信息请参阅 http://nifti.nimh.nih.gov/

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