CPPTRAJ Manual
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CPPTRAJ
Daniel R. Roe
February 22, 2019
https://github.com/Amber-MD/cpptraj
Contents
1 Introduction
1.1
6
Manual Syntax Format . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
2 Running Cpptraj
8
8
2.1
Command Line Syntax . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
8
2.2
Commands
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
9
2.3
Getting Help
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
10
2.4
Batch mode . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
10
2.5
Interactive mode
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
11
2.6
Trajectory Processing Run . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
11
2.6.1
11
2.7
Actions and multiple topologies . . . . . . . . . . . . . . .
Parallelization . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
12
2.7.1
MPI Trajectory Parallelization
12
2.7.2
OpenMP Parallelization . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
12
2.7.3
CUDA Parallelization
13
. . . . . . . . . . . . . . .
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
3 General Concepts
13
3.1
Units . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
3.2
Atom Mask Selection Syntax
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
14
3.3
Ranges . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
16
3.4
Parameter/Reference Tagging . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
16
4 Variables and Control Structures
13
17
4.1
for
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
17
4.2
set
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
18
4.3
show . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
19
5 Data Sets and Data Files
19
5.1
Data Set Selection Syntax . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
20
5.2
Data Set Math
21
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
1
6 Data File Options
23
6.1
Standard Data File Options . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
24
6.2
Grace Data File Options . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
25
6.3
Gnuplot Data File Options
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
26
6.4
Amber REM Log Options . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
26
6.5
Amber MDOUT Options
27
6.6
Evecs File Options . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
27
6.7
Vector psuedo-traj Options
27
6.8
OpenDX le options
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
27
6.9
CCP4 le options . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
28
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
6.10 Charmm REPD log options . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
28
6.11 Amber Constant pH Out options . . . . . . . . . . . . . . . . . .
28
7 Coordinates (COORDS) Data Set Commands
7.1
combinecrd
7.2
28
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
29
crdaction
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
30
7.3
createcrd
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
30
7.4
crdout . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
30
7.5
loadcrd
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
30
7.6
loadtraj
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
31
7.7
permutedihedrals . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
31
7.8
reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
33
7.9
rotatedihedral . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
33
8 General Commands
33
8.1
activeref . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
34
8.2
calc
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
34
8.3
clear . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
35
8.4
create
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
35
8.5
createset . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
35
8.6
datale
35
8.7
datalter
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
36
8.8
dataset . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
36
8.9
debug | prnlev . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
39
8.10 ensextension . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
39
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
8.11 exit | quit
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
39
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
39
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
39
8.12 go | run
8.13 help
8.14 list . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
39
8.15 noexitonerror . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
39
8.16 noprogress . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
40
8.17 precision . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
40
8.18 readdata . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
40
8.19 readensembledata . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
41
8.20 readinput
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
8.21 removedata
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
2
41
41
8.22 rst
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
8.23 runanalysis
41
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
42
8.24 select . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
43
8.25 selectds
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
43
8.26 sortensembledata . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
43
8.27 write | writedata
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
43
8.28 System Commands . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
44
9 Topology File Commands
44
9.1
angleinfo | angles | printangles . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
45
9.2
atominfo | atoms | printatoms . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
45
9.3
bondinfo | bonds | printbonds . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
46
9.4
change . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
46
9.5
charge . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
46
9.6
comparetop
47
9.7
dihedralinfo | dihedrals | printdihedrals . . . . . . . . . . . . . . .
47
9.8
mass . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
47
9.9
molinfo
48
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
9.10 parm . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
9.10.1 PDB format:
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
48
49
9.11 parmbox . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
49
9.12 parminfo
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
50
9.13 parmstrip
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
50
9.14 parmwrite . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
50
9.15 resinfo . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
51
9.16 scaledihedralk . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
51
9.17 solvent . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
52
10 Trajectory File Commands
52
10.1 ensemble . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
53
10.2 ensemblesize . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
54
10.3 reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
54
10.4 trajin
55
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
10.4.1 Options for Amber NetCDF, Amber NC Restart, Amber
Restart: . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
57
10.4.2 Options for CHARMM DCD: . . . . . . . . . . . . . . . .
57
10.5 trajout . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
58
10.5.1 Options for pdb format:
. . . . . . . . . . . . . . . . . . .
10.5.2 Options for Amber ASCII format:
10.5.3 Options for Amber NetCDF format:
59
. . . . . . . . . . . . .
60
. . . . . . . . . . . .
60
10.5.4 Options for Amber Restart/NetCDF Restart format:
. . .
60
10.5.5 Options for CHARMM DCD: . . . . . . . . . . . . . . . .
61
10.5.6 Options for GROMACS TRX/XTC format: . . . . . . . .
61
10.5.7 Options for mol2 format:
. . . . . . . . . . . . . . . . . .
61
10.5.8 Options for SQM input format: . . . . . . . . . . . . . . .
61
3
11 Action Commands
62
11.1 angle . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
65
11.2 areapermol
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
65
11.3 atomiccorr . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
66
11.4 atomicuct | rmsf . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
66
11.5 atommap
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
68
11.6 autoimage . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
69
11.7 average
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
69
11.8 avgcoord . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
70
11.9 bounds . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
71
11.10box . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
71
11.11center
72
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
11.12check | checkoverlap | checkstructure . . . . . . . . . . . . . . . .
72
11.13checkchirality . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
73
11.14closest | closestwaters . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
74
11.15cluster . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
75
11.16clusterdihedral
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
75
11.17contacts . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
76
11.18createcrd
77
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
11.19createreservoir
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
77
11.20density . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
78
11.21diusion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
79
11.22dihedral
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
81
11.23dihedralscan . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
81
11.24dipole
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
11.25distance
81
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
81
11.26drms | drmsd (distance RMSD) . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
82
11.27dssp
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
84
11.28energy . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
84
11.29esander
86
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
11.30lter . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
87
11.31xatomorder
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
87
11.32ximagedbonds . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
88
11.33gist (Grid Inhomogeneous Solvation Theory)
11.34grid
. . . . . . . . . . .
88
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
97
11.35hbond
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
11.36image
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 103
99
11.37jcoupling . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 104
11.38lessplit . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 105
11.39lie
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 106
11.40lipidorder
11.41lipidscd
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 106
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 108
11.42makestructure . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 108
11.43mask . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 111
11.44matrix . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 111
11.45mindist
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 113
4
11.46minimage
11.47molsurf
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 113
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 113
11.48multidihedral
11.49multivector
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 114
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 115
11.50nastruct . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 116
11.51nativecontacts . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 120
11.52outtraj . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 124
11.53pairdist
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 125
11.54pairwise . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 125
11.55principal . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 126
11.56projection . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 127
11.57pucker . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 128
11.58radgyr | rog . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 129
11.59radial | rdf . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 130
11.60randomizeions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 131
11.61replicatecell . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 132
11.62rms | rmsd . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 132
11.63rms2d | 2drms . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 135
11.64rmsavgcorr
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 135
11.65rmsf | atomicuct . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 135
11.66rotate
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 136
11.67rotdif . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 137
11.68runavg | runningaverage . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 137
11.69scale . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 137
11.70secstruct . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 137
11.71spam . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 140
11.72setvelocity . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 141
11.73stfcdiusion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 142
11.74strip . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 142
11.75surf
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 143
11.76symmrmsd
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 144
11.77temperature . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 145
11.78trans | translate . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 146
11.79unstrip . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 146
11.80unwrap
11.81vector
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 146
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 147
11.82velocityautocorr . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 149
11.83volmap . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 150
11.84volume . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 151
11.85watershell . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 151
12 Analysis Commands
152
12.1 autocorr . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 154
12.2 avg . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 154
12.3 calcstate . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 155
12.4 cluster . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 157
5
12.5 cphstats . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 166
12.6 corr | correlationcoe
12.7 crank | crankshaft
12.8 crduct
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 167
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 168
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 168
12.9 crosscorr . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 168
12.10curvet
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 169
12.11diagmatrix . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 170
12.12divergence . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 172
12.13t
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 172
12.14hist | histogram . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 173
12.15integrate . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 174
12.16ired
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 175
12.17kde . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 176
12.18lifetime
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 177
12.19lowestcurve
12.20meltcurve
12.21modes
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 180
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 180
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 180
12.22multicurve . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 184
12.23multihist . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 185
12.24phipsi
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 185
12.25regress . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 186
12.26remlog . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 187
12.27rms2d | 2drms . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 188
12.28rmsavgcorr
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 189
12.29rotdif . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 190
12.30runningavg
12.31spline
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 194
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 194
12.32statistics | stat
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 195
12.32.1 Torsion Analysis
12.32.2 Distance Analysis
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 196
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 196
12.32.3 Pucker Analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 197
12.33ti . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 197
12.34timecorr . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 198
12.35vectormath
12.36wavelet
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 199
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 200
13 Analysis Examples
203
13.1 Cartesian covariance matrix calculation and projection (PCA) . . 203
13.2 Dihedral covariance matrix calculation and projection for backbone phi/psi (PCA)
1
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 204
Introduction
Cpptraj [1] (the successor to ptraj ) is the main program in Amber for processing
coordinate trajectories and data les. Cpptraj has a wide range of functionality,
6
and makes use of OpenMP/MPI to speed up many calculations, including processing ensembles of trajectories and/or conducting multiple analyses in parallel
with MPI.[2]
Here are several notable features of cpptraj :
1. Trajectories with dierent topologies can be processed in the same run.
2. Several actions/analyses in cpptraj are OpenMP parallelized; see section
2.7.2 for more details.
3. Trajectory and ensemble reads can be MPI parallelized.
4. Almost any le read or written by cpptraj can be compressed (with the exception of the NetCDF trajectory format). So for example gzipped/bzipped
topology les can be read, and data les can be written out as gzip/bzip2
les. Compression is detected automatically when reading, and is determined by the lename extension (.gz and .bz2 respectively) on writing.
5. The format of output data les can be specied by extension. For example,
data les can be written in xmgrace format if the lename given has a
'.agr' extension. A trajectory can be written in DCD format if the '.dcd'
extension is used.
6. Multiple output trajectories can be specied, and can be written during
action processing (as opposed to only after) via the
outtraj
command.
In addition, output les can be directed to write only specic frames from
the input trajectories.
7. Multiple reference structures can be specied. Specic frames from trajectories may be used as a reference structure.
8. The
rmsd action allows specication of a separate mask for the reference
structure. In addition, per-residue RMSD can be calculated easily.
9. Actions that modify coordinates and topology such as the
strip /closest
actions can often write an accompanying fully-functional stripped topology
le.
10. Users usually are able to ne-tune the output format of data les declared
in actions using the
out
keyword (for example, the precision of the
numbers can be changed). In addition, users can control which data sets
are written to which les (e.g.
if two actions specify the same data le
with the 'out' keyword, data from both actions will be written to that
data le).
11. Users can manipulate data sets using mathematical expressions (with some
limitations), see 5.2 on page 21 for details.
12. There is some support for creating internal loops over e.g. mask expressions and setting internal variables (see
7
for , set , and show commands).
1.1
Manual Syntax Format
The syntax presented in this manual uses the following conventions:
<>
[]
Denotes a variable.
Denotes something is optional.
{|}
Denotes several choices separated by the '|' character; one of the choices
must be specied.
...
Denotes the preceding option can be repeated.
Everything else is as printed.
2
Running Cpptraj
Cpptraj can be run in either interactive mode or in batch mode.
2.1
Command Line Syntax
cpptraj [-p ] [-i ] [-y ] [-x ]
[-ya ] [-xa ] []
[-c ] [-d ] [-w ] [-o