Manual

User Manual: Pdf

Open the PDF directly: View PDF .
Page Count: 126

Download
Open PDF In Browser	View PDF

Package ‘certedata’
April 27, 2018
Version 2.40.0
Date 2018-04-27
Title Tools for Data Analysis at Certe
Description Tools to make microbiological, epidemiological and
quality control data analysis easier for data analysis at Certe,
a medical laboratory in the Netherlands ().
Depends R (>= 3.4.3)
Imports AMR (>= 0.2.0),
backports,
data.table,
DBI (>= 0.8),
dbplyr,
devtools,
dplyr (>= 0.7.4),
extrafont,
forcats (>= 0.3.0),
ggmap,
ggplot2,
knitr,
lubridate,
miniUI,
openssl,
plotly,
purrr,
readr,
readxl,
reshape2,
rlang,
RMariaDB,
rstudioapi,
rvest,
scales,
shiny,
shinydashboard,
svglite,
tibble (>= 1.4.0),
tidyr,
viridis,
xml2,
1

R topics documented:

2
writexl
URL https://www.certe.nl
BugReports https://github.com/msberends/certedata/issues
License GPL-2 | file LICENSE
Encoding UTF-8
LazyData true
RoxygenNote 6.0.1.9000

R topics documented:
abname_molis . . . . . . . . .
age . . . . . . . . . . . . . . .
age.group . . . . . . . . . . .
all . . . . . . . . . . . . . . .
antibiotics_list . . . . . . . . .
any . . . . . . . . . . . . . . .
as.basenumber . . . . . . . . .
as.percent . . . . . . . . . . .
as.tibble . . . . . . . . . . . .
certedb . . . . . . . . . . . . .
certedb_checkmmb_mtrlcodes
certedb_check_tbls . . . . . .
certedb_close . . . . . . . . .
certedb_getmmb . . . . . . .
certedb_query . . . . . . . . .
certedb_tbls . . . . . . . . . .
chi2.test . . . . . . . . . . . .
choose.dir . . . . . . . . . . .
citations . . . . . . . . . . . .
codonlist . . . . . . . . . . . .
colour.name . . . . . . . . . .
colourpicker . . . . . . . . . .
complete_rows . . . . . . . .
concat . . . . . . . . . . . . .
conf.lvl . . . . . . . . . . . .
cqv . . . . . . . . . . . . . . .
crosstab . . . . . . . . . . . .
cv . . . . . . . . . . . . . . .
date_generic . . . . . . . . . .
day . . . . . . . . . . . . . . .
db . . . . . . . . . . . . . . .
diff.text . . . . . . . . . . . .
element . . . . . . . . . . . .
ewma . . . . . . . . . . . . .
exact.test . . . . . . . . . . .
export.clipboard . . . . . . . .
export.csv . . . . . . . . . . .
export.excel . . . . . . . . . .
export.R . . . . . . . . . . . .

.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.

.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.

.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.

.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.

.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.

.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.

.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.

.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.

.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.

.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.

.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.

.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.

.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.

.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.

.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.

.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.

.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.

.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.

.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.

.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.

.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.

.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.

.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.

.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.

.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.

.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.

.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.

.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.

.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.

.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.

.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.

5
6
6
7
8
8
9
10
10
11
12
12
13
13
17
19
20
21
21
22
22
23
25
26
27
27
28
28
29
30
31
32
33
33
34
35
35
36
36

R topics documented:
filter_group_size . .
fivenum . . . . . . .
format2 . . . . . . .
g.test . . . . . . . . .
gather . . . . . . . .
getplottitle . . . . . .
gps_from_address . .
import . . . . . . . .
import.clipboard . . .
import.excel . . . . .
import.R . . . . . . .
independence.test . .
inputname . . . . . .
install.fonts . . . . .
is.double2 . . . . . .
lin.reg . . . . . . . .
manual . . . . . . . .
maps_api_key . . . .
matrix.2x2 . . . . . .
max . . . . . . . . .
md5 . . . . . . . . .
mean . . . . . . . . .
mean_geometric . . .
mean_harmonic . . .
median . . . . . . . .
melt . . . . . . . . .
midhinge . . . . . .
min . . . . . . . . .
month . . . . . . . .
nelson.defaultminrun
nelson.rule1 . . . . .
nelson.rule2 . . . . .
nelson.rule3 . . . . .
nelson.rule4 . . . . .
nelson.rule5 . . . . .
nelson.rule6 . . . . .
nelson.rule7 . . . . .
nelson.rule8 . . . . .
nelson.text . . . . . .
p.symbol . . . . . . .
pivot . . . . . . . . .
plot2 . . . . . . . . .
plot2.add . . . . . .
plot2.axis . . . . . .
plot2.elements . . . .
plot2.errorbar . . . .
plot2.interactive . . .
plot2.listlayers . . . .
plot2.map . . . . . .
plot2.movelayer . . .
plot2.opendir . . . .
plot2.pie . . . . . . .

3
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.

.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.

.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.

.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.

.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.

.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.

.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.

.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.

.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.

.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.

.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.

.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.

.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.

.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.

.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.

.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.

.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.

.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.

.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.

.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.

.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.

.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.

.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.

.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.

.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.

.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.

.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.

.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.

.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.

.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.

.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.

.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.

.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.

.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.

.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.

.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.

37
37
38
39
40
41
41
42
43
44
44
45
45
46
46
48
48
49
49
50
51
52
53
53
54
55
55
56
57
58
58
59
60
60
61
62
63
63
64
65
65
66
70
71
72
72
73
73
74
75
75
76

R topics documented:

4
plot2.save . . . . . .
plot2.text . . . . . .
pmax . . . . . . . .
pmin . . . . . . . . .
preset . . . . . . . .
print.data.frame . . .
prod . . . . . . . . .
project_dashboard . .
qc.test . . . . . . . .
qry . . . . . . . . . .
quantile . . . . . . .
range . . . . . . . .
rdate . . . . . . . . .
remember . . . . . .
rr_ewma . . . . . . .
rsi_table . . . . . . .
SaveAsVersion . . .
sd . . . . . . . . . .
se . . . . . . . . . .
sha1 . . . . . . . . .
sha2 . . . . . . . . .
sha256 . . . . . . . .
sha512 . . . . . . . .
size.env . . . . . . .
size_humanreadable .
split.every.n . . . . .
spread . . . . . . . .
str2 . . . . . . . . .
strip_name . . . . . .
strsplit.select . . . .
sum . . . . . . . . .
summary . . . . . .
summary_interactive
sumofsquares . . . .
Sys.isdecimalcomma
tbl_address . . . . .
tbl_anonymise . . . .
tbl_binary2logical . .
tbl_first_isolates . . .
tbl_guess_columns .
tbl_markdown . . . .
tbl_removeNULLs .
templatedoc . . . . .
theme_certe . . . . .
toproper . . . . . . .
unmelt . . . . . . . .
update_certedata . .
var . . . . . . . . . .
vector2ratio . . . . .
vlookup . . . . . . .
year . . . . . . . . .
%===% . . . . . . .

.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.

.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.

.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.

.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.

.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.

.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.

.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.

.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.

.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.

.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.

.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.

.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.

.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.

.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.

.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.

.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.

.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.

.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.

.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.

.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.

.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.

.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.

.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.

.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.

.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.

.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.

.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.

.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.

.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.

.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.

.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.

.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.

.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.

.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.

.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.

.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.

77
78
79
81
82
83
84
85
85
86
87
87
88
89
90
91
91
92
92
93
94
95
96
97
97
98
98
99
99
100
101
102
102
103
103
104
104
105
105
107
108
109
110
110
112
113
114
114
116
117
118
118

abname_molis

5

Index

abname_molis

120

Naam van antibioticum

Description
Hiermee kan een MOLIS-code omgezet worden naar een (triviale) antibioticumnaam of ATC-code,
of andersom.
Usage
abname_molis(abcode, from = "molis", to = "trivial_nl",
textbetween = " + ", tolower = FALSE)
Arguments
abcode

Een antibioticumcode of -naam, zoals "amox", "cftr" of "J01CA04".

from

Standaard is "molis". Type om van te transformeren. Geldige opties zijn alle
variabelen van antibiotics.

to

Standaard is "trivial_nl". Type om naar te transformeren. Geldige opties zijn
alle variabelen van antibiotics.

textbetween

Standaard is " + ". De tekst die tussen twee of meer middelen komt te staan.

tolower

Standaard is FALSE. Uitkomst als kleine letters weergeven met de functie tolower.

Source
antibiotics
Examples
abname("amcl")
# "Amoxicilline/clavulaanzuur"
abname("amcl+gent")
# "Amoxicilline/clavulaanzuur + gentamicine"
abname(c("amox", "amcl"))
# "Amoxicilline" "Amoxicilline/clavulaanzuur"
abname("amcl", to = "official")
# "amoxicillin and enzyme inhibitor"
abname("amcl", to = "atc")
# "J01CR02"
abname("J01CR02", from = "atc", to = "umcg")
# "AMCL"

6

age.group

age

Leeftijd uitrekenen

Description
Rekent leeftijd uit op basis van geboortedatum en referentiedatum.
Usage
age(date.birth, date.ref = Sys.Date())
Arguments
date.birth

Geboortedatum

date.ref

Standaard is vandaag. Datum op basis waarvan berekend moet worden.

Value
Getal

age.group

Leeftijdsgroep bepalen

Description
Hiermee wordt op basis van de leeftijd een groep bepaald; 00-17, 18-64, 65-84 en 85+. Met
split.children = TRUE worden kinderen bovendien gesplitst in 00, 01, 02-03, 04-05, 06-12
en 13-17.
Usage
age.group(age, split.children = FALSE, split.every10 = FALSE)
Arguments
age

Een getal tussen 0 en 120.

split.children Standaard is FALSE. Kinderen splitsen in 0, 1, 2-3, 4-5, 6-12 en 13-17.
split.every10

Value
Factor

Standaard is FALSE. Splitst de leeftijd per 10 jaar: 0-9, 10-19, enz. Hiermee
wordt split.children genegeerd.

all

7

all

Are All Values True?

Description
Given a set of logical vectors, are all of the values true?
Usage
all(..., na.rm = TRUE)
Arguments
...

zero or more logical vectors. Other objects of zero length are ignored, and the
rest are coerced to logical ignoring any class.

na.rm

logical. If true NA values are removed before the result is computed.

Details
This is a generic function: methods can be defined for it directly or via the Summary group generic.
For this to work properly, the arguments ... should be unnamed, and dispatch is on the first
argument.
Coercion of types other than integer (raw, double, complex, character, list) gives a warning as this
is often unintentional.
This is a primitive function.
Value
The value is a logical vector of length one.
Let x denote the concatenation of all the logical vectors in ... (after coercion), after removing NAs
if requested by na.rm = TRUE.
The value returned is TRUE if all of the values in x are TRUE (including if there are no values), and
FALSE if at least one of the values in x is FALSE. Otherwise the value is NA (which can only occur if
na.rm = FALSE and ... contains no FALSE values and at least one NA value).
S4 methods
This is part of the S4 Summary group generic. Methods for it must use the signature x, ..., na.rm.
References
Becker, R. A., Chambers, J. M. and Wilks, A. R. (1988) The New S Language. Wadsworth &
Brooks/Cole.
See Also
any, the ‘complement’ of all, and stopifnot(*) which is an all(*) ‘insurance’.

8

any

antibiotics_list

Antibioticalijst per klinisch specialisme of materiaal

Description
Retourneert een lijst met antibiotics die relevant zijn voor het gekozen specialism.
Usage
antibiotics_list(specialism = NA, specimen = NA)
Arguments
specialism

Naam van de specialist, zoals "Longarts", "Internist" of "Uroloog".

specimen

Naam van materiaal, zoals "Bloed", "Urine" of "Respiratoir".

Value
Tekst

any

Are Some Values True?

Description
Given a set of logical vectors, is at least one of the values true?
Usage
any(..., na.rm = TRUE)
Arguments
...

zero or more logical vectors. Other objects of zero length are ignored, and the
rest are coerced to logical ignoring any class.

na.rm

logical. If true NA values are removed before the result is computed.

Details
This is a generic function: methods can be defined for it directly or via the Summary group generic.
For this to work properly, the arguments ... should be unnamed, and dispatch is on the first
argument.
Coercion of types other than integer (raw, double, complex, character, list) gives a warning as this
is often unintentional.
This is a primitive function.

as.basenumber

9

Value
The value is a logical vector of length one.
Let x denote the concatenation of all the logical vectors in ... (after coercion), after removing NAs
if requested by na.rm = TRUE.
The value returned is TRUE if at least one of the values in x is TRUE, and FALSE if all of the values
in x are FALSE (including if there are no values). Otherwise the value is NA (which can only occur if
na.rm = FALSE and ... contains no TRUE values and at least one NA value).

S4 methods
This is part of the S4 Summary group generic. Methods for it must use the signature x, ..., na.rm.

References
Becker, R. A., Chambers, J. M. and Wilks, A. R. (1988) The New S Language. Wadsworth &
Brooks/Cole.

See Also
all, the ‘complement’ of any.

as.basenumber

Getallen octaal of hexadecimaal weergeven

Description
Getallen octaal of hexadecimaal weergeven

Usage
as.basenumber(x, from.base = 10, to.base)

Arguments
x

Waarde(n).

from.base

Standaard is 10 (decimaal). Grondtal van berekeningen; 8, 10 of 16.

to.base

Grondtal van berekeningen; 8, 10 of 16.

10

as.tibble

as.percent

Class ’percent’

Description
Dit is een nieuwe class voor procentuele weergave van de class double.
Usage
as.percent(x, ...)
is.percent(x)
Arguments
x

Waarde.

...

Paramters die doorgegeven worden aan as.double.

Value
Nieuwe class percent

as.tibble

Coerce lists and matrices to data frames

Description
as.data.frame() is effectively a thin wrapper around data.frame, and hence is rather slow (because it calls data.frame() on each element before cbinding together). as_tibble is a new S3
generic with more efficient methods for matrices and data frames.
Usage
as.tibble(x, ...)
Arguments
x

A list. Each element of the list must have the same length.

...

Other arguments passed on to individual methods.

Details
This is an S3 generic. tibble includes methods for data frames (adds tbl_df classes), tibbles (returns
unchanged input), lists, matrices, and tables. Other types are first coerced via as.data.frame()
with stringsAsFactors = FALSE.
as_data_frame and as.tibble are aliases.
Source
as.tibble uit het pakket tibble.

certedb

certedb

11

Verbinding maken met MySQL-/MariaDB-database

Description
Dit maakt verbinding met een MySQL-/MariaDB-database zoals de Certe-databaseserver.
Usage
certedb(host = Sys.getenv("DB_HOST"), port = Sys.getenv("DB_PORT"),
username = Sys.getenv("DB_USERNAME"),
password = Sys.getenv("DB_PASSWORD"), dbname = "certemmb", info = FALSE)
Arguments
host, port, username, password
Standaard zijn omgevingsvariabelen van de huidige gebruiker: "DB_HOST" (bij
ontbreken wordt dit localhost), "DB_PORT" (bij ontbreken wordt dit 3306),
"DB_USERNAME" en "DB_PASSWORD". Inloggegevens voor de MySQL/MariaDBserver.
dbname

Standaard is "certemmb". Naam van de database die geselecteerd moet worden.

info

Standaard is FALSE. Weergeven van informatie over het verbinden.

See Also
certedb_query voor het direct gebruik van query’s en certedb_close voor het sluiten van een
verbinding.
Examples
## Not run:
# gegevens direct downloaden naar tibble:
locaties <- certe_db() %>%
tbl("temporary_certemm_locaties") %>%
collect()
# alleen query weergeven en niet uitvoeren:
locaties <- certe_db() %>%
tbl("temporary_certemm_locaties") %>%
show_query()
# rest werkt met dpylr, zoals filter() en select():
locaties <- certe_db() %>%
tbl("temporary_certemm_locaties") %>%
filter(zkhgroepcode > 0, cu_sd == "Noord") %>%
select(instelling) %>%
collect()
# gebruik head() zoals LIMIT in MySQL:
locaties <- certe_db() %>%
tbl("temporary_certemm_locaties") %>%
head(5) %>%

12

certedb_check_tbls
collect()
## End(Not run)

certedb_checkmmb_mtrlcodes
Controleren van nieuwe materiaal- en testcodes

Description
Controleert originele materiaal- en testcodes en vergelijkt ze met de nieuwe temporary_*-tabellen.
Usage
certedb_checkmmb_mtrlcodes(...)
certedb_checkmmb_testcodes(info = TRUE, ...)
Arguments
...

Parameters die doorgegeven worden aan certedb_query.

certedb_check_tbls

Tabellen valideren in MySQL-/MariaDB-database

Description
Hiermee worden tabellen opgezocht in een MySQL-/MariaDB-database. Niet-bestaande tabellen
worden hoofdletterongevoelig vergeleken met bestaande tabellen. Wanneer een niet-bestaande tabel
wel voorkomt met een prefix eindigend op een underscore ("_", wordt de tabelnaam overschreven
door de bestaande tabelnaam die alfabetisch als laatste voorkomt.
Usage
certedb_check_tbls(tbls, con = NULL, dbname = "certemmb", info = TRUE)
Arguments
tbls

Tabellen in de database die gecontroleerd moeten worden.

con

Standaard is leeg, waarmee de verbinding gemaakt wordt op basis van de omgevingsvariabelen van de huidige gebruiker: "DB_HOST", "DB_PORT", "DB_USERNAME"
en "DB_PASSWORD".

dbname

Standaard is "certemmb". Naam van de database die geselecteerd moet worden.
Wordt genegeerd als con al een bestaande verbinding is.

info

Standaard is TRUE. Waarschuwing weergeven over niet-bestaande tabellen die
vervangen worden door bestaande tabellen.

certedb_close

certedb_close

13

Disconnect (close) a connection

Description
This closes the connection, discards all pending work, and frees resources (e.g., memory, sockets).
Usage
certedb_close(conn, ...)
Arguments
conn

A DBIConnection object, as returned by dbConnect().

...

Other parameters passed on to methods.

Value
dbDisconnect() returns TRUE, invisibly.
Specification
A warning is issued on garbage collection when a connection has been released without calling
dbDisconnect(), but this cannot be tested automatically. A warning is issued immediately when
calling dbDisconnect() on an already disconnected or invalid connection.
See Also
certedb_query voor het direct gebruik van query’s.

certedb_getmmb

MMB-gegevens ophalen van MySQL-/MariaDB-database

Description
Gegevens van Certe Medische Microbiologie uit de Certe-database downloaden. De benodigde
tabellen worden als LEFT JOIN automatisch toegevoegd op basis van de input bij where en select.
Nadien kan met qry de query bekeken worden, die als eigenschap bij het object opgeslagen wordt.
certedb_getmmb haalt orders en resultaten op, met uitslagen.
certedb_getmmb_tat haalt van deze orders de doorlooptijden op (TAT = Turn Around Time).

14

certedb_getmmb

Usage
certedb_getmmb(startdate = NULL, enddate = NULL, where = NULL,
select_preset = "mmb", select = NULL, add_cols = NULL, limit = 1e+07,
con = NULL, dbname = "certemmb", info = TRUE, first_isolates = FALSE,
EUCAST_rules = TRUE, MIC = FALSE, tat_hours = FALSE,
only_real_patients = TRUE, only_conducted_tests = TRUE,
only_show_query = FALSE, ...)
certedb_getmmb_tat(startdate = NULL, enddate = NULL, where = NULL,
add_cols = NULL, limit = 1e+07, con = NULL, dbname = "certemmb",
info = TRUE, only_real_patients = TRUE, only_conducted_tests = TRUE,
only_show_query = FALSE, ...)
Arguments
startdate

Standaard is de eerste dag van het huidige jaar. De oudste datum die opgehaald
moet worden.

enddate

Standaard is de laatste dag van het jaar van startdate. De nieuwste datum die
opgehaald moet worden.

where

Standaard is leeg. Syntax om toe te voegen aan de WHERE-clausule.

R-syntax wordt omgezet naar SQL-syntax, zie Examples. Deze syntax wordt
geëvalueerd, dus gebruik van variabelen is ook mogelijk, zoals certedb_getmmb(where = where(o.j
NB. Wanneer tabelvelden in meerdere brontabellen voorkomen, moet de tabelreferentie opgegeven worden. Zie Details voor de tabelreferenties en Examples
voor voorbeelden.
select_preset

Standaard is "mmb" of "tat" bij doorlooptijden. Variabelen om te selecteren
volgens de voorgedefinieerde lijst met variabelen, zie preset.list. Kan ook
een vector met meerdere presets zijn. Voor het selecteren van de eerste preset
uit de huidige map, gebruik select_preset = preset.thisfolder().

select

Standaard is leeg. Variabelen om handmatig te selecteren. Deze moeten geselecteerd worden met db en dit overschrijft select_preset.

add_cols

Standaard is leeg. Variabelen om extra te selecteren. Deze moeten geselecteerd
worden met db.

limit

Standaard is 10.000.000. Het aantal rijen dat maximaal opgehaald moet worden.

con

Standaard is leeg, waarmee de verbinding gemaakt wordt op basis van de omgevingsvariabelen van de huidige gebruiker: "DB_HOST", "DB_PORT", "DB_USERNAME"
en "DB_PASSWORD".

dbname

Standaard is "certemmb". Naam van de database die geselecteerd moet worden.
Wordt genegeerd als con al een bestaande verbinding is.

info

Standaard is TRUE. Printen van voortgang en het uiteindelijke aantal rijen en
kolommen dat gedownload is.

first_isolates Standaard is FALSE. Bepaling van eerste isolaten toevoegen.
EUCAST_rules

Standaard is TRUE. EUCAST expert rules toepassen op de antibiotica-kolommen
met interpretive_reading.

MIC

Standaard is FALSE. Toevoegen van MIC’s aan alle RSI-kolommen van de de
standaard query (i.e. zonder dat select gebruikt wordt).

certedb_getmmb

15

tat_hours

Standaard is TRUE. Turn-around-times toevoegen in uren (alleen voor doorlooptijden).
only_real_patients
Standaard is TRUE. Hiermee worden alleen daadwerkelijke patiënten gedownload (geen rondzendingen en testorders). Dit voegt automatisch AND u.pat_is_ordernr = 0
toe aan de WHERE.
only_conducted_tests
Standaard is TRUE. Hiermee worden alleen verrichte testen gedownload (geen
testen die niet verricht zijn). Dit voegt automatisch AND u.is_verricht = 1
toe aan de WHERE.
only_show_query
Standaard is FALSE. Draait de query niet, maar toont hem alleen.
...

Overige parameters die doorgegeven worden aan certedb_query, zoals auto_transform
en timezone.

Details
Voor gebruik van where staan hieronder de tabelreferenties. Deze zijn ook beschikbaar via de list
db:
• aanvr
temporary_certemm_aanvragers_praktijken
• beh
temporary_certemm_aanvragers_praktijken
• b
temporary_certemm_bacterienlijst
• d
temporary_certemm_aanmaakdatums
• dlt (alleen voor doorlooptijden)
temporary_certemm_doorlooptijden_2
• i
temporary_certemm_isolaten_met_interp_read
• l_extern
temporary_certemm_locaties
• l_intern
temporary_certemm_locaties
• m
temporary_certemm_materiaalgroepen
• o
certemm_ord
• p
certemm_pat
• t
temporary_certemm_testgroepen
• u
temporary_certemm_uitslag_mettekst
See Also
certedb_query voor het direct gebruik van query’s.

16

certedb_getmmb

Examples
################
# MMB-gegevens #
################
mmb.2017_Q1 <- certedb_getmmb(startdate = "2017-01-01",
enddate = "2017-03-31")
mmb.2018 <- certedb_getmmb(2018)
# GEBRUIK VAN PRESETS:
# zoeken naar preset_mmb.sql in de map Sys.getenv("R_REFMAP")
data <- certedb_getmmb(2018,
select_preset = "mmb")
# zoeken naar preset_VOLUMES.sql in de map Sys.getenv("R_REFMAP")
data <- certedb_getmmb(2018,
select_preset = "VOLUMES")
# zoeken naar eerste preset_*.sql in huidige map
data <- certedb_getmmb(2018,
select_preset = preset.thisfolder())
# GEBRUIK VAN WHERE:
# Het object `db` is een lijst met alle tabelvelden.
# Typ de WHERE in gewone SQL-taal:
data <- certedb_getmmb(2018,
where = "o.instelling = 'MZ'")
data <- certedb_getmmb(startdate = 2015,
enddate = 2018,
where = "a.zorglijn = 'Eerste lijn'")
# Of in R-syntax; dit wordt vertaald naar SQL-syntax, dus dit werkt hetzelfde:
data <- certedb_getmmb(2018,
where = db$a.postcode %in% c("1234AA", "1234BB"))
data <- certedb_getmmb(2018,
where = a.postcode %in% c("1234AA", "1234BB"))
data <- certedb_getmmb(2018,
where = "a.postcode IN ('1234AA', '1234BB')")
# Wanneer de WHERE gevat wordt in de functie `where`,
# kan deze op de plaats van `enddate` (2e parameter) komen:
data <- certedb_getmmb(2018,
where = where(db$a.postcode %in% c("1234AA", "1234BB")))
data <- certedb_getmmb(2018,
where(db$a.postcode %in% c("1234AA", "1234BB")))
# Reguliere expressie:
data <- certedb_getmmb(2018,
where = db$a.postcode %like% "1234")

certedb_query

17

data <- certedb_getmmb(2018,
where(db$a.postcode %like% "1234"))
data <- certedb_getmmb(2018,
where = "a.postcode REGEXP '1234'")
# Logische negatie:
data <- certedb_getmmb(2018,
where(!db$a.postcode %like% "1234"))
data <- certedb_getmmb(2018,
where = "a.postcode NOT REGEXP '1234'")
# Variabelen uit de Global Environment:
postcodelijst <- c("1234AA", "1234BB")
data <- certedb_getmmb(2018,
where(db$a.postcode %in% postcodelijst))
data <- certedb_getmmb(2018,
where = "a.postcode IN ('1234AA','1234BB')")
# Getallenbereik:
data <- certedb_getmmb(where = where(db$o.jaar %in% c(2012:2015)
& db$o.kwartaal %in% 1:3))
data <- certedb_getmmb(where = "o.jaar IN (2012, 2013, 2014, 2015)
AND o.kwartaal IN (1, 2, 3)")
# (deze laatste overschrijft `startdate` en `enddate`)
##################
# Doorlooptijden #
##################
# voorbeelden voor GeneXpert-testen:
data <- certedb_getmmb_tat(2018,
where(db$t.testcode %like% "^PX"))
data <- certedb_getmmb_tat(2018,
where(db$t.apparaat == "GeneXpert"))
data <- certedb_getmmb_tat(2018,
where(db$t.testcode == "PXNORO"))

certedb_query

SQL-query uitvoeren op MySQL-/MariaDB-database

Description
Een SQL-query uitvoeren op een MySQL-/MariaDB-database van bijv. Certe. De output krijgt een
qry-attribuut, dat met qry opgehaald kan worden.
Usage
certedb_query(query, limit = 1e+07, con = NULL, dbname = "certemmb",
info = TRUE, check_mtrl_test_codes = TRUE, binary_as_logical = TRUE,
auto_append_prefix = TRUE, auto_transform = TRUE, datenames = "en",
dateformat = "%Y-%m-%d", timeformat = "%H:%M", decimal.mark = ".",
big.mark = "", timezone = "Europe/Amsterdam", na = c("", "NULL", "NA"))

18

certedb_query

Arguments
query

(Bestand met) SQL-tekst die uitgevoerd moet worden. Tabelnamen in de query
hoeven geen "temporary_" of "certemm_" te bevatten en zijn hoofdletterongevoelig.
Deze query wordt bij het object opgeslagen als eigenschap query dat bekeken
kan worden met de functie link{qry}.

limit

Standaard is 10.000.000. Het aantal rijen dat maximaal opgehaald moet worden.

con

Standaard is leeg, waarmee de verbinding gemaakt wordt op basis van de omgevingsvariabelen van de huidige gebruiker: "DB_HOST", "DB_PORT", "DB_USERNAME"
en "DB_PASSWORD".

dbname

Standaard is "certemmb". Naam van de database die geselecteerd moet worden.
Wordt genegeerd als con al een bestaande verbinding is.

info

Standaard is TRUE. Printen van voortgang van run/fetch en het uiteindelijke aantal rijen en kolommen dat gedownload is.
check_mtrl_test_codes
Standaard is TRUE. Controleren van materiaal- en testcodes in de tijdelijke tabellen
van de database. Hiervoor moet ook info = TRUE zijn.
binary_as_logical
Standaard is TRUE. Kolommen die alleen de waarden 0 en/of 1 bevatten, tranformeren naar logical m.b.v. tbl_binary2logical.
auto_append_prefix
Standaard is TRUE. Wanneer tabellen die voorkomen in de query niet bestaan,
wordt gezocht naar tabellen met dezelfde naam die beginnen met "temporary_"
of "certemm_". Wanneer zo’n tabel gevonden, wordt die gebruikt.
auto_transform Standaard is TRUE. Automatisch alle gedownloade kolommen transformeren met
tbl_guess_columns.

datenames

(alleen wanneer auto_transform = TRUE)
Standaard is "en". Taal van de datenames (zoals weekdagen en maanden).

dateformat

(alleen wanneer auto_transform = TRUE)
Standaard is "%Y-%m-%d". Accepteert ook Excel-formaten, zoals "dd-mm-yy"
en "dd-mm-jjjj".

timeformat

(alleen wanneer auto_transform = TRUE)
Standaard is "%H:%M". Accepteert ook Excel-formaten, zoals "HH:MM:SS".

decimal.mark

(alleen wanneer auto_transform = TRUE)
Standaard is ".". Scheidingsteken voor decimale getallen.

big.mark

(alleen wanneer auto_transform = TRUE)
Standaard is "". Groepsteken voor getallen, zoals 1.000.000.

timezone

(alleen wanneer auto_transform = TRUE)
Standaard is "Europe/Amsterdam". Zomertijd is gelijk aan CEST (Central European Summer Time) en loopt 2 uur voor op UTC, wintertijd is gelijk aan CET
(Central European Time) en loopt 1 uur voor op UTC.

na

(alleen wanneer auto_transform = TRUE)
Standaard is c("", "NULL", "NA"). Waarden die vertaald moeten worden als
NA.

See Also
certedb voor alleen het verbinden met de Certe-databaseserver en certedb_getmmb om ineens alle
relevante MMB-gegevens te downloaden.

certedb_tbls

19

Examples
## Not run:
locaties <- certedb_query("SELECT * FROM temporary_certemm_locaties")
locaties <- certedb_query("SELECT * FROM temporary_certemm_locaties", limit = 5)
# Door `auto_append_prefix = TRUE` wordt:
locaties <- certedb_query("SELECT * FROM locaties")
# vertaald naar:
locaties <- certedb_query("SELECT * FROM temporary_certemm_locaties")
## End(Not run)

certedb_tbls

Tabellen ophalen uit MySQL-/MariaDB-database

Description
Alle tabellen uit een MySQL-/MariaDB-database zoals de Certe-database ophalen en in een list
plaatsen, waarbij elke waarde in de lijst ook de naam is van het element in de lijst.

Usage
certedb_tbls(con = NULL, dbname = "certemmb")

Arguments
con

Standaard is leeg, waarmee de verbinding gemaakt wordt op basis van de omgevingsvariabelen van de huidige gebruiker: "DB_HOST", "DB_PORT", "DB_USERNAME"
en "DB_PASSWORD".

dbname

Standaard is "certemmb". Naam van de database die geselecteerd moet worden.
Wordt genegeerd als con al een bestaande verbinding is.

Value
list met alle gevonden SQL-tabellen.

See Also
certedb_query voor het direct gebruik van query’s.

20

chi2.test

chi2.test

Chi^2-berekening van matrix

Description
Hiermee wordt een uitgebreide Chi^2-berekening uitgevoerd op een matrix en een eventueel advies
gegeven voor een G-test (g.test).
Usage
chi2.test(x, y = NULL, correct = TRUE, p = rep(1/length(x), length(x)),
rescale.p = FALSE, simulate.p.value = FALSE, B = 2000, alpha = 0.05,
info = TRUE)
Arguments
x

a numeric vector or matrix. x and y can also both be factors.

y

a numeric vector; ignored if x is a matrix. If x is a factor, y should be a factor of
the same length.

correct

a logical indicating whether to apply continuity correction when computing the
test statistic for 2 by 2 tables: one half is subtracted from all |O −E| differences;
however, the correction will not be bigger than the differences themselves. No
correction is done if simulate.p.value = TRUE.

p

a vector of probabilities of the same length of x. An error is given if any entry
of p is negative.

rescale.p

a logical scalar; if TRUE then p is rescaled (if necessary) to sum to 1. If
rescale.p is FALSE, and p does not sum to 1, an error is given.

simulate.p.value
a logical indicating whether to compute p-values by Monte Carlo simulation.
B

an integer specifying the number of replicates used in the Monte Carlo test.

alpha

Standaard is 0.05. Waarde waartegen p-waarde getoetst moet worden.

info

Standaard is TRUE. Geeft een tekstoverzicht van de analyse. Met FALSE wordt
alleen de p-waarde geretourneerd.

Value
Tekst
See Also
g.test exact.test

choose.dir

choose.dir

21

Choose a Folder Interactively

Description
Aangepaste functie om ook gebruik om macOS mogelijk te maken.
Usage
choose.dir()
Details
This brings up the Windows shell folder selection widget. With the default default = "", ‘My
Computer’ (or similar) is initially selected.
To workaround a bug, on Vista and later only folders under ‘Computer’ are accessible via the
widget.
Value
A length-one character vector, character NA if ‘Cancel’ was selected.
Source
http://grokbase.com/t/r/r-sig-mac/12bxhv5xcz/equivalent-of-choose-dir
See Also
choose.files

citations

Referenties van geladen pakketten

Description
Print een lijst met alle geladen pakketten als wetenschappelijke referenties.
Usage
citations(url = FALSE, rstudio = TRUE)
Arguments
url

Standaard is FALSE. Print ook de URL van het pakket als deze opgegeven is.

rstudio

Standaard is TRUE. Print ook de referentie van RStudio.

Value
Tekst (lijst)

22

colour.name

codonlist

Codons van 20 essentiele aminozuren

Description
Een dataset waarin alle 20 essentiele aminozuren met hun DNA-codes opgenomen zijn.
Usage
codonlist
Format
Een dataframe met 64 observaties en 3 variabelen:
dna DNA-code van het aminozuur.
aminoacid Naam van het aminozuur.
slc Single Letter Code van het aminozuur.
Details
Om data op te slaan in een R-pakket: devtools::use_data(codonlist, internal = FALSE, overwrite = TRUE)

colour.name

Kleurnaam van RGB-code of HTML-code

Description
Print een kleurnaam van een RGB-code of HTML-code.
Usage
colour.name(htmlcode)
color.name(htmlcode)
Arguments
htmlcode
Value
Tekst

Een tekst zoals "#FFFFFF", of een formule die dit retourneert, zoals rgb(1, 1, 1).

colourpicker

colourpicker

23

Kleuren uit de huisstijl van Certe en meer

Description
Hiermee kunnen alle Certe-kleuren gebruikt worden, maar daarnaast ook de huisstijl van de RuG,
het kleurenblindheid-veilige viridis en nog 6 andere continue kleurenpaletten. Druk op F1 voor
een voorbeeldplaatje van alle beschikbare kleuren.
Usage
colourpicker(x, length = 1, opacity = 0)
colorpicker(x, length = 1, opacity = 0)
Arguments
x

Kleur. Moet een geldige kleur zijn uit colors (zoals "black", "red"), een
HTML-code (zoals "#ffffaa", "#ffa"), een lege waarde (NA of NULL), of:
"certe"
Huisstijlkleuren van Certe. Deze kleuren kunnen ook als input gebruikt worden:
"certeblauw", "certegroen", "certeroze", "certegeel", "certelila", "certezachtlila",
"certeblauw2", "certegroen2", "certeroze2", "certegeel2", "certelila2",
"certezachtlila2", "certeblauw3", "certegroen3", "certeroze3", "certegeel3",
"certelila3" en "certezachtlila3". De rest wordt aangevuld met grijswaarden. Gebruik "certe2" of "certe3" om direct de zachtere tinten te gebruiken.
"rug" of "ug"
Huisstijlkleuren van de Rijkuniversiteit Groningen. Deze kleuren kunnen ook
als input gebruikt worden: "rugrood", "rugblauw", "rugpaars", "rugdonkerblauw",
"ruggroen", "rugbordeauxrood", "ruggrijs", "ruggoud" en "rugzilver".
De rest wordt aangevuld met grijswaarden.
"viridis"
Kleurenblindheid-veilig, zie verderop en viridis.
"R", "rainbow" of "regenboog"
Standaardkleuren van R, zie rainbow
"heat", "heatmap" of "hitte"
Zie heat.colors
"terrain" of "terrein"
Zie terrain.colors
"topo" of "geo"
Zie topo.colors
"prev" of "prevalentie"

24

colourpicker
"grijs", "grijswaarden", "greyscale" of "grayscale"
"colourbrewer" of "colorbrewer"
Gebaseerd op de 4 meest divergerende kleuren die kleurenblindveilig, printvriendelijk en kopieerveilig zijn volgens ColorBrewer (die advies biedt voor
cartografie): oranje, gelig, licht- en donkerblauw. Zie deze pagina van ColorBrewer 2.0.
"ggplot"
Kleuren die in de eerste versie van ggplot gebruikt werden als Set1.
"ggplot2"
Kleuren die in ggplot2 gebruikt worden als Set2.

length

Standaard is 1. Aantal kleuren dat geretourneerd moet worden.

opacity

Standaard is 0. Transparantie, een waarde tussen 0-1.

Details

About viridis:
These colour scales are designed to be:
• Colourful, spanning as wide a palette as possible so as to make differences easy to see,
• Perceptually uniform, meaning that values close to each other have similar-appearing colours
and values far away from each other have more different-appearing colors, consistently across
the range of values,
• Robust to colourblindness, so that the above properties hold true for people with common
forms of colourblindness, as well as in gray scale printing.

complete_rows

25

Value
RGB-kleur(en) in HTML-tekst, zoals "#849A42" voor x = "certegroen".
Examples
colourpicker("certegroen")
# spectra uitproberen:
tibble(x = c(1:500), y = 1) %>%
ggplot(aes(x, y)) +
theme(
panel.grid.minor.x = element_blank(),
panel.grid.major.x = element_blank(),
panel.grid.minor.y = element_blank(),
panel.grid.major.y = element_blank()
) +
geom_col(
width = 1,
fill = colourpicker("heat", length = 500))
## Not run:
..., col = colourpicker("certeblauw", nrow(tbl)), ...
## End(Not run)

complete_rows

Data completeren met extra rijen

Description
Data opvullen met missende rijen. Standaard worden rijen aangevuld tussen de min en max van
variabele.
Usage
complete_rows(data, variable, newvalue = 0, start_with_1 = FALSE)
Arguments
data

data.frame waarin rijen missen.

variable

Variabele die numerieke waarden bevat en op basis waarvan de tabel aangevuld
moet worden.

newvalue

Standaard is 0. Waarde die ingevuld moet worden in de kolommen.

start_with_1

Standaard is FALSE. Waarde 1 als minimum voor variabele gebruiken, waardoor het hele bereik ingevuld wordt.

26

concat

Examples
a <- data.frame(week = c(3, 5, 6),
x = c(14, 23, 16),
y = c(34, 31, 28))
a
#
week x y
# 1
3 14 34
# 2
5 23 31
# 3
6 16 28
a
#
#
#
#
#

%>% complete_rows(week)
week x y
1
3 14 34
2
4 0 0
3
5 23 31
4
6 16 28

a
#
#
#
#
#
#
#

%>% complete_rows(week, start_with_1 = TRUE)
week x y
1
1 0 0
2
2 0 0
3
3 14 34
4
4 0 0
5
5 23 31
6
6 16 28

a
#
#
#
#
#
#
#

%>% complete_rows(week, NA, start_with_1 = TRUE)
week x y
1
1 NA NA
2
2 NA NA
3
3 14 34
4
4 NA NA
5
5 23 31
6
6 16 28

concat

Samenvoegen van vector

Description
Samenvoegen van items in een vector. Dit is gelijk aan paste(..., sep = "", collapse = "").
Usage
concat(x, sep = "")
Arguments
x

Een vector met tekst.

sep

Standaard is "". Tekst om x op te splitsen.

conf.lvl

27

conf.lvl

Betrouwbaarheidsinterval (Confidence Level, CL)

Description
Berekent het gemiddelde, het 95% betrouwbaarheidsinterval en de linker en rechter zijde van de
fout.
Usage
conf.lvl(x, info = FALSE)
Arguments
x

Data

info

Standaard is FALSE. Print het gemiddelde en de linker en rechter zijde van de
fout.

cqv

Spreidingscoefficient (CQV)

Description
Gebruikt de interkwartielafstand om spreiding te bepalen: (Q3 - Q1) / (Q3 + Q1), alsmede de
halve interkwartielafstand ((Q3 - Q1) / 2) gedeeld door de midhinge. Engels: Coefficient of
dispersion, of coefficient of quartile variation (CQV). (Bonett et al., 2006: Confidence interval for
a coefficient of quartile variation).
Usage
cqv(x, percent = FALSE, na.rm = TRUE)
Arguments
x

Waarde.

percent

Standaard is FALSE. Print de uitkomst als percentage met as.percent.

na.rm

Standaard is TRUE. Lege waarden negeren.

Value
Waarde
See Also
cv

28

cv

crosstab

Kruistabel (contingency table) maken van data.frame

Description
Hiermee wordt een kruistabel gemaakt. De output is een matrix.
Usage
crosstab(data, column1, condition1, column2, condition2, expected = FALSE,
totals = FALSE)
Arguments
data

data.frame of tibble met gegevens, waarin kolommen column1 en column2
voorkomen.

column1

Kolom met waarden.

condition1

Voorwaarde om column1 te scheiden van de groep "Rest".

column2

Kolom met waarden.

condition2

Voorwaarde om column2 te scheiden van de groep "Rest".

expected

Standaard is FALSE. In plaats van de observaties, de verwachte waarden retourneren (E_i = N / n, waarbij een discrete uniforme verdeling verwacht
wordt).

totals

Standaard is FALSE. Voegt rij- en kolomtotalen toe.

Value
matrix
See Also
matrix.2x2

cv

Variatiecoefficient (CV)

Description
Standaarddeviatie gedeeld door het gemiddelde. Engels: Coefficient of variation (CV).
Usage
cv(x, percent = FALSE, na.rm = TRUE)
Arguments
x

Waarde.

percent

Standaard is FALSE. Print de uitkomst als percentage met as.percent.

na.rm

Standaard is TRUE. Lege waarden negeren.

date_generic

29

Value
Waarde
See Also
cqv midhinge

date_generic

Datum-/tijd-formaat van Excel transformeren naar Unix-formaat

Description
Retourneert het formaat in Unix-vorm, bijv. "d mmmm yyyy" -> "%e %B %Y".
Usage
date_generic(format)
Arguments
format

Formaat om te transformeren, zoals "d mmmm yyyy". Zie detais.

Details
De volgende formaten worden ondersteund:
Tijd:
- "H" (0-23, geen voorloopnul)
- "HH" (00-23, wel voorloopnul)
- "MM" (00-59)
- "SS" (00-59)
- Combinaties
"H:MM:SS": 9:12:01, enz.
"HH:MM:SS": 09:12:01, enz.
Dagen:
- "d" (1-31, geen voorloopnul)
- "dd" (01-31, wel voorloopnul)
- "ddd" (ma-zo)
- "dddd" (maandag-zondag)
- Combinaties
"dddd d mmmm": maandag 1 januari, dinsdag 2 januari, enz.
Weken:
- "w" of "ww" (01-53)
- Combinaties
"yyyy-ww": 2018-01, 2018-02, enz.

30

day
"yyyy_iso-ww", bijv.: format2("2017-01-01", "yyyy_iso-ww") = 2016-52.
Volgens ISO 8601 (Nederland); dit weeknummer wijkt af van het Amerikaanse weeknummer.
Maanden:
- "mm" (01-12)
- "mmm" (jan-dec)
- "mmmm" (januari-december)
- Combinaties
"mm (mmmm)": 01 (januari), 02 (februari), enz.
"mm-mmm": 01-jan, 02-feb, enz.
Kwartalen:
- "q" of "k" (1-4)
- "qq" of "QQ" (Q1-Q4)
- "kk" of "KK" (K1-K4)
- Combinaties
"yyyy-qq": 2018-Q1, 2018-Q2, enz.
Jaren:
- "jj" of "yy" (00-99)
- "jjjj" of "yyyy" (1900-2099)
- "jj_iso" of "yy_iso" (00-99)
- "jjjj_iso" of "yyyy_iso" (1970-2099)
Volgens ISO 8601 (Nederland, bijv.: format2("2017-01-01", "yyyy_iso") = 2016).
Overig:
"iso" datumformaat volgens ISO 8601: yyyy-mm-dd
"unix" aantal seconden sinds Epoch (1 jan 1970 0:00:00): een Unix Timestamp

Value
Tekst

day

Get/set days component of a date-time

Description
Get/set days component of a date-time
Usage
day(x)
Arguments
x

a POSIXct, POSIXlt, Date, chron, yearmon, yearqtr, zoo, zooreg, timeDate, xts,
its, ti, jul, timeSeries, or fts object.

db

31

Details
day() and day<-() are aliases for mday() and mday<-() respectively.

Value
wday() returns the day of the week as a decimal number or an ordered factor if label is TRUE.

Source
day uit het pakket lubridate.

See Also
yday(), mday()

db

Lijst met certedb-tabellen

Description
Dit is een list met alle tabelvelden die in de where van certedb-functies gebruikt kan worden.

Usage
db$...

Format
list

Examples
postcodelijst <- c("1234AA", "1234BB")
certedb_getmmb(2017,
2018,
where(db$a.postcode %in% postcodelijst),
only_show_query = TRUE)

32

diff.text

diff.text

Levenshteinafstand berekenen

Description
Hiermee wordt het aantal verschillen tussen twee tekstreeksen berekend. Een insertie, deletie en
substitutie tellen allen als 1. Dit volgt het algoritme van Levenshtein et al., 1965.

Usage
## S3 method for class 'text'
diff(a, b, ignore = c(" ", ":", "!", "?", ";", ".", ",",
"
"), info = FALSE)

Arguments
a

Tekst a.

b

Tekst b.

ignore

Standaard is c(" ", ".", ",", "
"). Te negeren tekens in tekst a en tekst
b.

info

Standaard is FALSE. Print een specificatie van het aantal inserties, deleties en
substituties.

Value
getal

See Also
adist

Examples
## Not run:
diff.text("test", "testa") # = 1
diff.text("test", "vest") # = 1
diff.text("test", "vespa") # = 3
## End(Not run)

element

33

element

Selecteren van een element

Description
Selecteert een element uit een data.frame, list of andere vector. Dit kan gebruikt worden om van
een list iedere waarde van names(list) te retourneren.
Usage
element(.data, e = 1)
Arguments
.data

Een data.frame, list, matrix, of vector van tekst of getallen.

e

Standaard is 1. Het te selecteren element. Ondersteunt tidyverse-achtige quasiquotation.

Examples
## Not run:
df %>% plot2(...) %>% element(data) # gelijk aan: plot2(df, ...)$data
df %>% element(1:3) # gelijk aan: df %>% select(1:3)
LETTERS[1:10] %>% element(1:5)
df %>% plot2() %>% names()
[1] "data"
"layers"
"scales"
"coordinates" "facet"
"plot_env"
df %>% plot2() %>% element(mapping)
* fill -> zkhgroep_locatie
* group -> zkhgroep_locatie
* x
-> testnaam
* y
-> aantal

"mapping"
"labels"

"theme"

## End(Not run)

ewma

Exponentieel gewogen zwevend gemiddelde (EWMA)

Description
De Exponentially Weighted Moving Average (EWMA) houdt het exponentieel gewogen zwevend
gemiddelde bij van alle voorgaande steekproefgemiddelden.
Usage
ewma(x, lambda, m = mean(x))

34

exact.test

Arguments
x

Gegevensreeks.

lambda

Het gewicht dat gegeven worden aan het meest recente rationele subgroepgemiddelde.

m

Standaard is mean(x). Gemiddelde van de reeks van x.

Value
Lijst.
See Also
rr_ewma
Examples
## Not run:
ewma(x, 0.9)
## End(Not run)

exact.test

Fisher’s Exact test van matrix of vector

Description
Hiermee wordt een ’Exact-test of independence’ uitgevoerd op een matrix, of een ’Exact-test of
goodness-of-fit’ op een vector.
Usage
exact.test(x, y = NULL, alpha = 0.05, info = TRUE, minimum = 0)
Arguments
x

Een vector met waarden, of een matrix die als input gebruikt wordt. Deze kan
gemaakt worden met matrix.2x2 of crosstab.

y

De geschatte waarden van x. Dit wordt automatisch bepaald wanneer dit leeggelaten wordt. Hier kan ook de uitkomst van een ratio van x opgegeven worden
met vector2ratio.

alpha

Standaard is 0.05. Waarde waartegen p-waarde getoetst moet worden.

info

Standaard is TRUE. Geeft een tekstoverzicht van de analyse. Met FALSE wordt
alleen de p-waarde geretourneerd.

minimum

Standaard is 0. Minimale grootte van iedere afzonderlijke statum. Gebruik
minimum = 30 bij epidemiologische analyse van isolaten.

Value
Tekst

export.clipboard

35

See Also
chi2.test g.test
export.clipboard

Exporteren naar klembord

Description
Hiermee wordt een data.frame uit R naar het klembord geëxporteerd als tekst. De maximale
hoeveelheid data die geëxporteerd kan worden is evenveel als de beschikbare hoeveelheid RAMgeheugen.
Usage
export.clipboard(tbl, sep = "\t", na = "", header = TRUE,
format.NL = Sys.isdecimalcomma(), structure.R = FALSE)
Arguments
tbl
sep
na
header
format.NL
structure.R

export.csv

Tabel die naar het klembord moet worden gekopieerd.
Standaard is "\t". Het scheidingsteken waardoor de velden in elke rij gescheiden worden.
Standaard is "". Teken voor lege waarden. Geldt niet wanneer structure.R = TRUE.
Standaard is TRUE. Kolomnamen als koptekst exporteren.
Standaard is TRUE. Hiermee worden getallen met een komma als decimaal teken
geëxporteerd.
Standaard is FALSE. Dit gebruikt dump om de tabel te exporteren in R-structuur,
met behoud van alle tabeleigenschappen.

Exporteren naar CSV-structuur

Description
Hiermee kan een tabel naar nieuw CSV-bestand geschreven worden. export.csv schrijft een bestand als standaard CSV (komma-gescheiden), export.csv2 schrijft een bestand als een WestEuropese CSV (puntkomma-gescheiden) die ook door Nederlandse versies van Excel gelezen kan
worden.
Usage
export.csv(tbl, filename = NA)
export.csv2(tbl, filename = NA)
Arguments
tbl
filename

Tabel met gegevens.
Standaard is NA, waarmee de naam van tbl gebruikt wordt. De (nieuwe) bestandsnaam van het CSV-bestand.

36

export.R

export.excel

Exporteren naar Excel

Description
Hiermee kan een tabel naar nieuw Excel-bestand geschreven worden.
Usage
export.excel(tbl, filename = NA)
Arguments
tbl

Tabel met gegevens.

filename

Standaard is NA, waarmee de naam van tbl gebruikt wordt. De (nieuwe) bestandsnaam van het Excel-bestand.

export.R

Exporteren naar R-structuur

Description
Hiermee kan een tabel naar nieuw R-bestand geschreven worden. Dit bestand is gecomprimeerd.
Gebruik import.R om het weer te gebruiken.
Usage
export.R(tbl, filename = NA)
Arguments
tbl

Tabel met gegevens.

filename

Standaard is NA, waarmee de naam van tbl gebruikt wordt. De (nieuwe) bestandsnaam van het R-bestand.

Source
saveRDS
Examples
## Not run:
export.R(starwars)
starwars2 <- import.R("starwars.rds")
identical(starwars, starwars2) # TRUE
## End(Not run)

filter_group_size

filter_group_size

37

inherit dplyr::filter

Description
inherit dplyr::filter
Usage
filter_group_size(.data, min = NULL, max = min)
Arguments
min

minimal group size, use min = NULL to filter on maximal group size only

max

maximal group size, use max = NULL to filter on minimal group size only

Source
Stack Overflow answer by docendo discimus, https://stackoverflow.com/a/43110620/4575331

fivenum

Tukey Five-Number Summaries

Description
Returns Tukey’s five number summary (minimum, lower-hinge, median, upper-hinge, maximum)
for the input data.
Usage
fivenum(x, na.rm = TRUE)
Arguments
x

numeric, maybe including NAs and ±Infs.

na.rm

logical; if TRUE, all NA and NaNs are dropped, before the statistics are computed.

Value
A numeric vector of length 5 containing the summary information. See boxplot.stats for more
details.
See Also
IQR, boxplot.stats, median, quantile, range.

38

format2

format2

Nieuwe formaatweergave

Description
Formateer een R object voor mooie weergave.
Usage
format2(x, ...)
## Default S3 method:
format2(x, format = "d mmmm yyyy", percent = FALSE,
round = ifelse(percent, 1, 2), force.decimals = ifelse(percent, TRUE,
FALSE), format.NL = Sys.isdecimalcomma(), ...)
## S3 method for class 'percent'
format2(x, round = 1, force.decimals = TRUE,
format.NL = Sys.isdecimalcomma(), ...)
## S3 method for class 'POSIXct'
format2(x, format = "d mmmm yyyy", ...)
## S3 method for class 'POSIXlt'
format2(x, format = "d mmmm yyyy", ...)
## S3 method for class 'POSIXt'
format2(x, format = "HH:MM:SS", ...)
## S3 method for class 'hms'
format2(x, format = "HH:MM:SS", round = 2,
force.decimals = FALSE, format.NL = Sys.isdecimalcomma(), ...)
## S3 method for class 'difftime'
format2(x, round = 2, force.decimals = FALSE,
format.NL = Sys.isdecimalcomma(), ...)
## S3 method for class 'Date'
format2(x, format = "d mmmm yyyy", ...)
## S3 method for class 'numeric'
format2(x, round = ifelse(percent, 1, 2),
force.decimals = ifelse(percent, TRUE, FALSE), non.scientific = FALSE,
format.NL = Sys.isdecimalcomma(), min.length = 0, percent = FALSE, ...)
Arguments
x

Waarde(n) die getransformeerd moet(en) worden.

format

Formaat dat gebruikt moet worden. Ondersteunt leesbare formaten zoals "d mmmm yyyy"
d.m.v. date_generic, maar ook UNIX zoals "%e %B %Y".

g.test
round

39
Aantal decimalen waarop afgerond moet worden.

force.decimals Forceren van decimale getallen, zelfs als het laatste decimale getal volgens
round een 0 is.
format.NL

Zie Sys.isdecimalcomma. Hiermee worden getallen met een komma als decimaal teken weergegeven.

non.scientific Met TRUE wordt een reguliere, niet-wetenschappelijke notatie geforceerd.
min.length

De minimale lengte van de output. Dit overschrijft force.decimals.

Details
Zie voor ondersteunde tekst voor de parameter format voor datum en tijd: data_generic.

g.test

G-test van matrix of vector

Description
Hiermee wordt een ’G–test of independence’ uitgevoerd op een matrix, of een ’G–test of goodnessof-fit’ op een vector.
Usage
g.test(x, y = NULL, alpha = 0.05, info = TRUE, minimum = 0)
Arguments
x

Een vector met waarden, of een matrix die als input gebruikt wordt. Deze kan
gemaakt worden met matrix.2x2 of crosstab.

y

De geschatte waarden van x. Dit wordt automatisch bepaald wanneer dit leeggelaten wordt. Hier kan ook de uitkomst van een ratio van x opgegeven worden
met vector2ratio.

alpha

Standaard is 0.05. Waarde waartegen p-waarde getoetst moet worden.

info

Standaard is TRUE. Geeft een tekstoverzicht van de analyse. Met FALSE wordt
alleen de p-waarde geretourneerd.

minimum

Standaard is 0. Minimale grootte van iedere afzonderlijke statum. Gebruik
minimum = 30 bij epidemiologische analyse van isolaten.

Details
De formule om de G-statistic uit te rekenen is:
G <- 2 * sum(x * log(x / x.expected))
Omdat dit chi-kwadraat verdeeld is, kan de p-waarde uitgerekend worden met:
p <- 1 - stats::pchisq(G, df))
waarbij df het aantal vrijheidsgraden is: max(NROW(x) - 1, 1) * max(NCOL(x) - 1, 1).
Value
Tekst

40

gather

See Also
chi2.test

gather

Gather columns into key-value pairs.

Description
Gather takes multiple columns and collapses into key-value pairs, duplicating all other columns as
needed. You use gather() when you notice that you have columns that are not variables.
Usage
gather(data, key = "key", value = "value", ..., na.rm = FALSE,
convert = FALSE, factor_key = FALSE)
Arguments
data

A data frame.

key

Names of new key and value columns, as strings or symbols.
This argument is passed by expression and supports quasiquotation (you can
unquote strings and symbols). The name is captured from the expression with
rlang::quo_name() (note that this kind of interface where symbols do not represent actual objects is now discouraged in the tidyverse; we support it here for
backward compatibility).

value

Names of new key and value columns, as strings or symbols.
This argument is passed by expression and supports quasiquotation (you can
unquote strings and symbols). The name is captured from the expression with
rlang::quo_name() (note that this kind of interface where symbols do not represent actual objects is now discouraged in the tidyverse; we support it here for
backward compatibility).

...

A selection of columns. If empty, all variables are selected. You can supply bare
variable names, select all variables between x and z with x:z, exclude y with
-y. For more options, see the dplyr::select() documentation. See also the
section on selection rules below.

na.rm

If TRUE, will remove rows from output where the value column in NA.

convert

If TRUE will automatically run type.convert() on the key column. This is
useful if the column names are actually numeric, integer, or logical.

factor_key

If FALSE, the default, the key values will be stored as a character vector. If TRUE,
will be stored as a factor, which preserves the original ordering of the columns.

Rules for selection
Arguments for selecting columns are passed to tidyselect::vars_select() and are treated specially. Unlike other verbs, selecting functions make a strict distinction between data expressions
and context expressions.
• A data expression is either a bare name like x or an expression like x:y or c(x, y). In a data
expression, you can only refer to columns from the data frame.

getplottitle

41

• Everything else is a context expression in which you can only refer to objects that you have
defined with <-.
For instance, col1:col3 is a data expression that refers to data columns, while seq(start, end)
is a context expression that refers to objects from the contexts.
If you really need to refer to contextual objects from a data expression, you can unquote them with
the tidy eval operator !!. This operator evaluates its argument in the context and inlines the result
in the surrounding function call. For instance, c(x, !! x) selects the x column within the data
frame and the column referred to by the object x defined in the context (which can contain either a
column name as string or a column position).
Source
gather uit het pakket tidyr.
getplottitle

Titel ophalen van title

Description
Titel ophalen van title
Usage
getplottitle(plot, validfilename = TRUE)
Arguments
plot
validfilename

gps_from_address

Grafiek
Standaard is TRUE. Verandert de te retourneren tekst zodanig, dat dit een geldige
bestandsnaam is.

Adresgegevens ophalen van Google Maps

Description
Hiermee worden adreseigenschappen opgehaald m.b.v. de Google Maps Geocoding API. Het limiet
is ca. 15.000 requests per dag en ca. 300 requests per seconde.
Usage
gps_from_address(address, type = NA, country = "Nederland")
Arguments
address
type

country

Een of meerdere adressen om naar te zoeken. Mag alles zijn dat Google Maps
begrijpt (zelfs "Certe", dit wordt vertaald naar Damsterdiep 191, Groningen).
Standaard is NA voor alle eigenschappen. Geldige opties zijn: "lat", "lng",
"straat", "nummer", "postcode", "plaats", "gemeente", "provincie", "land",
"landcode" of NA voor alle eigenschappen.
Standaard is "Nederland". Deze tekst wordt toegevoegd aan address.

42

import

Value
Lijst of tekst
Source
maps_api_key

import

Importeren van bestand

Description
Hiermee wordt (MMB-)data (bijv. aanvraaggegevens of doorlooptijden) geïmporteerd van een bestand. De functies import.csv, import.csv2 en import.tsv zijn hier wrappers van.
Gebruik alleen een bestandsnaam om de omgevingsvariabele R_REFMAP te gebruiken als map. Het
transformeert datumkolommen naar geldige datums en alle booleankolommen naar geldige logicals.
Daarnaast worden alle velden die leeg zijn of "NULL" bevatten getransformeerd naar NA.
Usage
import(file, sep = "auto", info = TRUE, startrow = 1, headerrow = 1,
datenames = "en", dateformat = "%Y-%m-%d", timeformat = "%H:%M",
decimal.mark = ".", big.mark = "", na = c("", "NULL", "NA"))
import.csv(file, ...)
import.csv2(file, ...)
import.tsv(file, ...)
Arguments
file

Locatie van het bestand. Wanneer een bestandsnaam opgegeven is, wordt de
omgevingsvariabele R_REFMAP gebruikt als map. Bij Windows-locaties moet \
vervangen worden door \\.

sep

Standaard is "auto", waardoor het sep bepaald wordt op basis van de bestandsextensie. Het scheidingsteken waardoor de velden in elke rij gescheiden worden.

info

Standaard is TRUE. Printen van voortgang van importeren en de uiteindelijke
datagrootte met aantal rijen en kolommen.

startrow

Standaard is 1. Eerste rij die geïmporteerd moet worden.

headerrow

Standaard is 1. De rij waarin de koppen zich bevinden. Gebruik headerrow = NA
of headerrow = 0 om geen koppen te importeren.

datenames

Standaard is "en". Taal van de datenames (zoals weekdagen en maanden).

dateformat

Standaard is "%Y-%m-%d". Accepteert ook Excel-formaten, zoals "dd-mm-yy"
en "dd-mm-jjjj".

timeformat

Standaard is "%H:%M". Accepteert ook Excel-formaten, zoals "HH:MM:SS".

decimal.mark

Standaard is ".". Scheidingsteken voor decimale getallen.

import.clipboard

43

big.mark

Standaard is "". Groepsteken voor getallen, zoals 1.000.000.

na

Standaard is c("", "NULL", "NA"). Waarden die vertaald moeten worden als
NA.

...

Parameters die doorgegeven worden aan import.

Value
data.frame
See Also
import, import.csv, import.csv2, import.tsv, date_generic
Examples
## Not
mmb 3 sd.
Usage
nelson.rule1(x, m = mean(x), s = sd(x))
Arguments
x

Gegevensreeks

m

Standaard is mean(x). Gemiddelde.

s

Standaard is sd(x). Standaardafwijking.

nelson.rule2

59

Alle Nelson QC regels
• nelson.rule1: Detecteer waarnemingen >3 sd
• nelson.rule2: Detecteer reeks van >= 9 waarnemingen aan dezelfde kant van het gemiddelde
• nelson.rule3: Detecteer strikte toename of afname bij >= 6 waarnemingen op een rij
• nelson.rule4: Detecteer 14 waarnemingen op een rij alternerend in richting van het gemiddelde, of alternerend in toename en afname
• nelson.rule5: Detecteer 2 van de 3 >2 sd van gemiddelde in dezelfde richting
• nelson.rule6: Detecteer 4 van de 5 >1 sd van gemiddelde in dezelfde richting
• nelson.rule7: Detecteer >= 15 waarnemingen op een rij binnen 1 sd van het gemiddelde
• nelson.rule8: Detecteer >= 8 waarnemingen op een rij allen buiten 1sd

nelson.rule2

Nelson QC regel 2

Description
Detecteer reeks van >= 9 waarnemingen aan dezelfde kant van het gemiddelde.
Usage
nelson.rule2(x, m = mean(x), min.run = nelson.defaultminrun(2))
Arguments
x

Gegevensreeks

m

Standaard is mean(x). Gemiddelde.

min.run

Standaard is nelson.defaultminrun(2). Minimaal aantal opeenvolgende waarnemingen waaraan de regel moet voldoen.

Alle Nelson QC regels
• nelson.rule1: Detecteer waarnemingen >3 sd
• nelson.rule2: Detecteer reeks van >= 9 waarnemingen aan dezelfde kant van het gemiddelde
• nelson.rule3: Detecteer strikte toename of afname bij >= 6 waarnemingen op een rij
• nelson.rule4: Detecteer 14 waarnemingen op een rij alternerend in richting van het gemiddelde, of alternerend in toename en afname
• nelson.rule5: Detecteer 2 van de 3 >2 sd van gemiddelde in dezelfde richting
• nelson.rule6: Detecteer 4 van de 5 >1 sd van gemiddelde in dezelfde richting
• nelson.rule7: Detecteer >= 15 waarnemingen op een rij binnen 1 sd van het gemiddelde
• nelson.rule8: Detecteer >= 8 waarnemingen op een rij allen buiten 1sd

60

nelson.rule4

nelson.rule3

Nelson QC regel 3

Description
Detecteer strikte toename of afname bij >= 6 waarnemingen op een rij.
Usage
nelson.rule3(x, min.run = nelson.defaultminrun(3))
Arguments
x

Gegevensreeks

min.run

Standaard is nelson.defaultminrun(3). Minimaal aantal opeenvolgende waarnemingen waaraan de regel moet voldoen.

Alle Nelson QC regels
• nelson.rule1: Detecteer waarnemingen >3 sd
• nelson.rule2: Detecteer reeks van >= 9 waarnemingen aan dezelfde kant van het gemiddelde
• nelson.rule3: Detecteer strikte toename of afname bij >= 6 waarnemingen op een rij
• nelson.rule4: Detecteer 14 waarnemingen op een rij alternerend in richting van het gemiddelde, of alternerend in toename en afname
• nelson.rule5: Detecteer 2 van de 3 >2 sd van gemiddelde in dezelfde richting
• nelson.rule6: Detecteer 4 van de 5 >1 sd van gemiddelde in dezelfde richting
• nelson.rule7: Detecteer >= 15 waarnemingen op een rij binnen 1 sd van het gemiddelde
• nelson.rule8: Detecteer >= 8 waarnemingen op een rij allen buiten 1sd

nelson.rule4

Nelson QC regel 4

Description
Detecteer 14 waarnemingen op een rij alternerend in richting van het gemiddelde, of alternerend in
toename en afname.
Usage
nelson.rule4(x, m = mean(x), min.run = nelson.defaultminrun(4),
direction.mean = FALSE)

nelson.rule5

61

Arguments
x

Gegevensreeks

m

Standaard is mean(x). Gemiddelde.

min.run

Standaard is nelson.defaultminrun(4). Minimaal aantal opeenvolgende waarnemingen waaraan de regel moet voldoen.

direction.mean Standaard is FALSE. Met TRUE test deze functie op 14 waarnemingen op een rij
alternerend in richting van het gemiddelde.
Alle Nelson QC regels
• nelson.rule1: Detecteer waarnemingen >3 sd
• nelson.rule2: Detecteer reeks van >= 9 waarnemingen aan dezelfde kant van het gemiddelde
• nelson.rule3: Detecteer strikte toename of afname bij >= 6 waarnemingen op een rij
• nelson.rule4: Detecteer 14 waarnemingen op een rij alternerend in richting van het gemiddelde, of alternerend in toename en afname
• nelson.rule5: Detecteer 2 van de 3 >2 sd van gemiddelde in dezelfde richting
• nelson.rule6: Detecteer 4 van de 5 >1 sd van gemiddelde in dezelfde richting
• nelson.rule7: Detecteer >= 15 waarnemingen op een rij binnen 1 sd van het gemiddelde
• nelson.rule8: Detecteer >= 8 waarnemingen op een rij allen buiten 1sd

nelson.rule5

Nelson QC regel 5

Description
Detecteer 2 van de 3 >2 sd van gemiddelde in dezelfde richting.
Usage
nelson.rule5(x, m = mean(x), s = sd(x), min.run = nelson.defaultminrun(5))
Arguments
x

Gegevensreeks

m

Standaard is mean(x). Gemiddelde.

s

Standaard is sd(x). Standaardafwijking.

min.run

Standaard is nelson.defaultminrun(5). Minimaal aantal opeenvolgende waarnemingen waaraan de regel moet voldoen.

62

nelson.rule6

Alle Nelson QC regels
• nelson.rule1: Detecteer waarnemingen >3 sd
• nelson.rule2: Detecteer reeks van >= 9 waarnemingen aan dezelfde kant van het gemiddelde
• nelson.rule3: Detecteer strikte toename of afname bij >= 6 waarnemingen op een rij
• nelson.rule4: Detecteer 14 waarnemingen op een rij alternerend in richting van het gemiddelde, of alternerend in toename en afname
• nelson.rule5: Detecteer 2 van de 3 >2 sd van gemiddelde in dezelfde richting
• nelson.rule6: Detecteer 4 van de 5 >1 sd van gemiddelde in dezelfde richting
• nelson.rule7: Detecteer >= 15 waarnemingen op een rij binnen 1 sd van het gemiddelde
• nelson.rule8: Detecteer >= 8 waarnemingen op een rij allen buiten 1sd

nelson.rule6

Nelson QC regel 6

Description
Detecteer 4 van de 5 >1 sd van gemiddelde in dezelfde richting.
Usage
nelson.rule6(x, m = mean(x), s = sd(x), min.run = nelson.defaultminrun(6))
Arguments
x

Gegevensreeks

m

Standaard is mean(x). Gemiddelde.

s

Standaard is sd(x). Standaardafwijking.

min.run

Standaard is nelson.defaultminrun(6). Minimaal aantal opeenvolgende waarnemingen waaraan de regel moet voldoen.

Alle Nelson QC regels
• nelson.rule1: Detecteer waarnemingen >3 sd
• nelson.rule2: Detecteer reeks van >= 9 waarnemingen aan dezelfde kant van het gemiddelde
• nelson.rule3: Detecteer strikte toename of afname bij >= 6 waarnemingen op een rij
• nelson.rule4: Detecteer 14 waarnemingen op een rij alternerend in richting van het gemiddelde, of alternerend in toename en afname
• nelson.rule5: Detecteer 2 van de 3 >2 sd van gemiddelde in dezelfde richting
• nelson.rule6: Detecteer 4 van de 5 >1 sd van gemiddelde in dezelfde richting
• nelson.rule7: Detecteer >= 15 waarnemingen op een rij binnen 1 sd van het gemiddelde
• nelson.rule8: Detecteer >= 8 waarnemingen op een rij allen buiten 1sd

nelson.rule7

nelson.rule7

63

Nelson QC regel 7

Description
Detecteer >= 15 waarnemingen op een rij binnen 1 sd van het gemiddelde.
Usage
nelson.rule7(x, m = mean(x), s = sd(x), min.run = nelson.defaultminrun(7))
Arguments
x

Gegevensreeks

m

Standaard is mean(x). Gemiddelde.

s

Standaard is sd(x). Standaardafwijking.

min.run

Standaard is nelson.defaultminrun(7). Minimaal aantal opeenvolgende waarnemingen waaraan de regel moet voldoen.

Alle Nelson QC regels
• nelson.rule1: Detecteer waarnemingen >3 sd
• nelson.rule2: Detecteer reeks van >= 9 waarnemingen aan dezelfde kant van het gemiddelde
• nelson.rule3: Detecteer strikte toename of afname bij >= 6 waarnemingen op een rij
• nelson.rule4: Detecteer 14 waarnemingen op een rij alternerend in richting van het gemiddelde, of alternerend in toename en afname
• nelson.rule5: Detecteer 2 van de 3 >2 sd van gemiddelde in dezelfde richting
• nelson.rule6: Detecteer 4 van de 5 >1 sd van gemiddelde in dezelfde richting
• nelson.rule7: Detecteer >= 15 waarnemingen op een rij binnen 1 sd van het gemiddelde
• nelson.rule8: Detecteer >= 8 waarnemingen op een rij allen buiten 1sd

nelson.rule8

Nelson QC regel 8

Description
Detecteer >= 8 waarnemingen op een rij allen buiten 1sd.
Usage
nelson.rule8(x, m = mean(x), s = sd(x), min.run = nelson.defaultminrun(8))

64

nelson.text

Arguments
x

Gegevensreeks

m

Standaard is mean(x). Gemiddelde.

s

Standaard is sd(x). Standaardafwijking.

min.run

Standaard is nelson.defaultminrun(8). Minimaal aantal opeenvolgende waarnemingen waaraan de regel moet voldoen.

Alle Nelson QC regels
• nelson.rule1: Detecteer waarnemingen >3 sd
• nelson.rule2: Detecteer reeks van >= 9 waarnemingen aan dezelfde kant van het gemiddelde
• nelson.rule3: Detecteer strikte toename of afname bij >= 6 waarnemingen op een rij
• nelson.rule4: Detecteer 14 waarnemingen op een rij alternerend in richting van het gemiddelde, of alternerend in toename en afname
• nelson.rule5: Detecteer 2 van de 3 >2 sd van gemiddelde in dezelfde richting
• nelson.rule6: Detecteer 4 van de 5 >1 sd van gemiddelde in dezelfde richting
• nelson.rule7: Detecteer >= 15 waarnemingen op een rij binnen 1 sd van het gemiddelde
• nelson.rule8: Detecteer >= 8 waarnemingen op een rij allen buiten 1sd

nelson.text

Tekst van Nelson regels

Description
Dit geeft de uitleg van iedere Nelson regel.

Usage
nelson.text(rule, min.run = nelson.defaultminrun(rule))
Arguments
rule

Nelson regel

min.run

Standaard is de standaardwaarde volgens Nelson. Minimaal aantal opeenvolgende waarnemingen waaraan de regel moet voldoen.

p.symbol

p.symbol

65

Symbool van een p-waarde

Description
Retourneert het symbool behorend bij de p-waarde: 0 ’***’ 0.001 ’**’ 0.01 ’*’ 0.05 ’.’ 0.1 ’ ’ 1
Usage
p.symbol(p, emptychar = " ")
Arguments
p
emptychar

p-waarde.
Standaard is " ". De tekst die weergegeven wordt bij p > 0.1.

Value
Tekst

pivot

Draaien van tabel (pivoteren)

Description
Hiermee wordt een tabel gepivoteerd, d.w.z. een kwartslag gedraaid.
Usage
pivot(tbl, col.prefix = "Kolom", firstcol.as.header = FALSE)
Arguments
tbl
col.prefix

Tabel die gepivoteerd moet worden
Standaard is "Kolom". Prefix van de nieuwe kolomnamen: Kolom1, Kolom2,
enz.
firstcol.as.header
Standaard is FALSE. De eerste kolom als kolomkoppen gebruiken. Met TRUE
wordt eerst een kolom toegevoegd en wordt daarna pas gepivoteerd, zodat deze
nieuwe kolom als kolomkoppen gebruikt wordt.
Examples
## Not run:
tbl %>%
group_by(ziekenhuis) %>%
summarise(amox = rsi(amox),
cipr = rsi(cipr)) %>%
pivot()
## End(Not run)

66

plot2

plot2

Grafiek van tabel of reeks

Description
Grafiek van tabel of reeks met Certe-kleuren. De data wordt automatsch geinterpreteerd en zonodig
getransformeerd voordat de grafiek getekend wordt.
Voor x, y, x.category, y.category en datalabels wordt quasiquotation ondersteund.
Geldige types (type) zijn "bar", "barpercent", "boxplot", "column", "density", "frequency",
"histogram", "line", "point", "rsi" en "mic".
De plot2.*-functies zijn hier wrappers van.
Usage
plot2(...)
plot2.bar(...)
plot2.barpercent(...)
plot2.boxplot(...)
plot2.line(...)
plot2.point(...)
plot2.density(y, x.lbl = "", y.lbl = "Dichtheid", y.percent = TRUE, ...)
plot2.frequency(y, x.lbl = "", y.lbl = "Aantal", bins = NULL, ...)
plot2.histogram(y, x.lbl = "", y.lbl = "Aantal", bins = NULL, ...)
plot2.mic(...,
x.lbl
y.lbl
title
plot2.rsi(...,
x.lbl
y.lbl
title

= 'MIC-waarde',
= 'Aantal',
= 'Overzicht MIC-waarden')
= 'Antibiotica-interpretatie',
= 'Aantal',
= 'Gevoeligheidsanalyse')

Arguments
data

data.frame met gegevens.

x

Standaard is eerste kolom van data. Naam van kolom (als tekst) met gegevens
voor de x-as. Wanneer in deze kolom waarden meerdere keren voorkomen,
worden daarvan de waarden van y bij elkaar opgeteld.

y

Standaard is tweede of derde kolom van data. Naam van kolom (als tekst) met
gegevens voor de y-as. Het is ook mogelijk om hier namen aan te geven, om de
tekst in de legenda aan te passen; zie voorbeelden.

y.category

Standaard is tweede kolom van data. Naam van kolom (als tekst) met gegevens
voor de y-as.

x.category

Standaard is NA. Splitsen in verschillende plots door middel van facet_wrap(scales = "free").
Zie aldaar voor meer parameters.

plot2

67

type

Standaard is "column", in tegenstelling tot de standaard type = "p" van plot.
Geldige opties zijn "bar" ("b"), "barpercent", "boxplot" ("box"), "column"
("c", "col"), "density" ("d", "dens"), "frequency" ("f", "freq"), "histogram"
("h", "hist"), "line" ("l"), "point" ("p"), "rsi" en "mic".

x.lbl, y.lbl

Standaard is de kolomnaam van x of y. Beschrijving van de x- en y-as. Laat
deze ongedefinieerd om de kolomtitels van de data te gebruiken. Tekst tussen
*enkele sterren* wordt cursief gemaakt, tekst tussen **dubbele sterren** wordt
vet gemaakt.

title

Standaard is NA, waarmee de asnamen van y en x weergegeven worden als
"y per x". Titel van de grafiek. Tekst tussen *enkele sterren* wordt cursief
gemaakt, tekst tussen **dubbele sterren** wordt vet gemaakt. De teksten n()
en n_distinct(kolomnaam) worden vertaald.

subtitle

Standaard is leeg. Ondertitel van de grafiek. Tekst tussen *enkele sterren* wordt
cursief gemaakt, tekst tussen **dubbele sterren** wordt vet gemaakt. De teksten n() en n_distinct(kolomnaam) worden vertaald.

x.category.fill

Standaard is NA; doorzichtig. Kleur die doorgegeven wordt aan colourpicker.
x.category.position
Standaard is "top". Geldige opties zijn "left", "right", "top", "bottom".
x.category.bold
Standaard is TRUE. Tekst van x.category vetgedrukt weergeven.
x.category.size
Standaard is 10 pt. Grootte van de tekst van x.category.
x.category.repeat.lbls
Standaard is FALSE. Herhalen van de aslabels bij elke deelgrafiek.
colours

Standaard is "certe". Een tekst of vector van tekst die doorgegeven wordt aan
colourpicker.

x.lbl.angle

Standaard is 0. De hoek in graden waaronder de labels van de x-as weergegeven
worden. Gebruik voor verticale weergave een hoek van 90 (richting onder naar
boven) of 270 (richting boven naar onder).

x.lbl.align

Standaard is NA, waardoor het uitlijnen berekend wordt op basis van x.lbl.angle.
Andere geldige opties zijn "left", "center" en "right". Deze kunnen afgekort
worden.

x.lbl.italic

Standaard is FALSE. De categorieën van de x-as cursief maken. Dit is nodig bij
namen van micro-organismen.

x.remove

Standaard is FALSE. De eenheden van x-as verwijderen. Om de tekst (label) van
de x-as te verwijderen, gebruik x.lbl = "".

x.position

Standaard is "bottom". Geldige opties zijn "left", "right", "top", "bottom".

x.max

Standaard is NA. Maximaal aantal verschillende waarden op de x-as.

x.max.txt

Standaard is "(rest, x %n)". Tekst die weergegeven wordt bij waarden op de
x-as die buiten x.max vallen. Gebruik "%n" om het aantal overige categorieën
weer te geven.

y.remove

Standaard is FALSE. De eenheden van y-as verwijderen. Om de tekst (label) van
de y-as te verwijderen, gebruik y.lbl = "".

y.24h

Standaard is FALSE. De primaire lijnen van de y-as per 24 uur weergeven.

y.age

Standaard is FALSE. De primaire lijnen van de y-as per leeftijdsgroep weergeven
(zie age.group).

68

plot2
y.percent

Standaard is FALSE. Toont de y-as als percentage.

y.scale

Standaard is automatisch. Hiermee kan de schaal van de y-as aangepast worden,
met bijvoorbeeld y.scale = c(0, 25). Standaard wordt in tegenstelling tot
ggplot wordt altijd y = 0 weergegeven. De hoogste waarde op de y-as is
standaard 1,25x de hoogst voorkomende y-waarde en de laagste waarde op de
y-as is standaard 0 (of 1,25x de laagst voorkomende y-waarde wanneer dit lager
is dan 0).

y.position

Standaard is "left", behalve bij type = "barpercent". Geldige opties zijn
"left", "right", "top", "bottom".
sort.x, sort.y.category
Standaard is TRUE. Sorteren van de x en/of y.category. Geldige waarden zijn:
- TRUE, bij factors op levels sorteren, anders zoals "asc" sorteren.
- FALSE, zoals volgorde in de data voortkomt sorteren.
- "asc" of "alpha", oplopend alfabetisch sorteren; ascending.
- "desc", aflopend alfabetisch sorteren; descending.
- "order", zoals FALSE sorteren.
- "freq", aflopend volgens de frequentie (summarise_function) van y sorteren
(hoogste waarde eerst).
- "freq-asc", oplopend zoals "freq" sorteren (hoogste waarde laatst).

datalabels

Standaard is TRUE, wat de waarden weergeeft van y. Geeft datalabels weer bij
de kolommen, lijnen of punten. Dit kan een kolomnaam van data zijn, of een
lijst met waarden. Gebruik datalabels = FALSE of datalabels = NA om geen
datalabels weer te geven.
datalabels.round
Standaard is if_else(y.percent == FALSE, 2, 1). Aantal decimalen waarop
datalabels afgerond wordt, wanneer dit (decimale) getallen zijn.
datalabels.fill
Standaard is 'white'. De achtergrondkleur van de labels die doorgegeven wordt
aan colourpicker. Gebruik datalabels.fill = NA om geen achtergrond
weer te geven.
summarise_function
Standaard is sum. De functie die gebruikt wordt voor link{summarise} om de
waarden van y te berekenen wanneer waarden van x vaker voorkomen. Kan ook
uit een ander pakket komen: plot2(summarise_function = base::mean).
stacked

Standaard is FALSE. Met FALSE worden de kolommen naast elkaar geplaatst, in
plaats van op elkaar.

stackedpercent Standaard is FALSE. Hiermee kan een 100% gestapelde grafiek gemaakt worden.
horizontal

Standaard is FALSE. Horizontale orientatie van de kolommen. Met TRUE worden
er horizontale balken weergegeven.

reverse

Standaard is horizontal, waardoor de waarde van horizontal overgenomen
wordt. Hiermee worden gestapelde balken omgekeerd. Dit is soms nodig om de
legenda synchroon te houden met de kleuren van de balken. Kan ook TRUE of
FALSE zijn.

smooth

Standaard is FALSE. Lijnen vloeiend weergeven.

size

Standaard is if_else(type == "line", 0.75, 2). Dikte van de lijnen in
geval van een lijngrafiek en punten in geval van een puntgrafiek.

bins

Standaard is 20 of, wanneer dit lager is, het unieke aantal waarden gedeeld door
3. Bij een histogram het aantal ’bins’.

plot2

69

show.mean

Standaard is FALSE. Bij boxplots de gemiddelde lijn ook weergeven.

break.S

Standaard is NA. De hoogste MIC die geïnterpreteerd wordt als S.

break.R
Standaard is break.S. De laagste MIC die geïnterpreteerd wordt als R.
legend.position
Standaard is "top". Geldige opties zijn "none" ("geen"), "left" ("links"),
"right" ("rechts"), "top" ("boven"), "bottom" ("onder"), of een vector met
2 cijfers: bijv. legend.position = c(0, 0) voor linksonder of legend.position = c(1, 1)
voor rechtsboven.
legend.lbl

Standaard is "". Tekst bij de legenda.

print

Standaard is FALSE. Hiermee wordt de grafiek direct met print weergegeven.
Met FALSE kan de output gebruikt worden om door te geven aan een variabele.

font.family

Standaard is "Calibri". Het lettertype dat gebruikt moet worden voor tekst in
de grafiek. Om alle lettertypen te kunnen gebruiken die momenteel in Windows
geïnstalleerd zijn, moet de functie install.fonts eerst eenmalig gebruikt worden.

text.factor

Standaard is 1. Factor van de grootte van alle tekst.

format.NL

Standaard is Sys.isdecimalcomma(), zie Sys.isdecimalcomma. Getallen Nederlands weergeven, met een komma als decimaal scheidingsteken.
misses.data, misses.x, misses.y, misses.y.category
Wordt alleen intern gebruikt.
...

Parameters voor oudere versies, die intern vertaald worden.

Value
Een ggplot-model.
See Also
plot2.save om een grafiek direct op te slaan.
plot2.map om een prevalentiegrafiek met Google Maps te maken.
plot2.pie om een taartgrafiek te maken.
Examples
## Not run:
plot2.column(mmb.orders, 'jaar', 'aantal orders')
# Direct vanuit dplyr:
df %>%
group_by(jaar, specialisme) %>%
summarise(aantal = n()) %>%
plot2(type = "column")
# Legenda gedefinieerde namen geven:
df %>%
filter(...) %>%
group_by(...) %>%
summarise(aantal = n()
monsters = n_distinct(ordernr)) %>%
plot2(y = c('Aantal orders' = 'aantal',

70

plot2.add
'Aantal monsters' = 'monsters'),
title = 'Aanvragen in 2018',
type = 'c')
## End(Not run)

plot2.add

Extra element toevoegen aan grafiek

Description
Dit maakt een extra element in een grafiek.
Usage
plot2.add(plot, type, move = 0, size = if_else(type == "line", 0.75, 2),
colour = "certeroze", ...)
Arguments
plot

Een ggplot-model waaraan de lijn toegevoegd moet worden.

type

Type element dat toegevoegd moet worden. Voor een lijst van mogelijkheden:
plot2.elements.

move

Standaard is 0. Nieuwe type verplaatsen m.b.v. plot2.movelayer.

size

Standaard is if_else(type == "line", 0.75, 2). Dikte van de lijnen in
geval van een lijngrafiek en punten in geval van een puntgrafiek.

colour

Standaard is "certeroze". Kleur van het type. Ondersteunt colourpicker.

...

Parameters die doorgegeven worden aan het type, zoals colour, fill en size,
maar ook inherit.aes en mapping. Ondersteunt colourpicker. Variabelen
uit de data van plot worden automatisch vertaald, zie Examples.

Value
Een ggplot-model.
See Also
plot2
Examples
# Variabelen uit plot$data worden vertaald, zoals hier uit `rr_ewma`:
plot2(y = (runif(52) * 100) + 300, type = "line") %>%
plot2.add(y = rr_ewma(y, lambda = 0.75))
# hier met gefingeerde weekaantallen
tibble(week = 1:52,
meetpuntjes = (runif(52) * 100) + 30) %>%
plot2(type = "point",
size = 2,

plot2.axis

71

colour = "gray") %>%
plot2.add("line",
colour = "gray",
size = 0.5) %>%
# rrEWMA
plot2.add("line",
y = rr_ewma(meetpuntjes,
lambda = 0.9)) %>%
# 90e percentiel
plot2.add("line",
y = quantile(meetpuntjes,
0.9,
info = FALSE),
linetype = 2,
colour = "certeblauw") %>%
# en een leesbaardere x-as: elke 4 weken en beginnen bij 1
plot2.axis("x",
breaks = c(1, seq(from = 0, to = 52, by = 4)))

plot2.axis

Aanpassen van plot2-assen

Description
Hierbij kunnen de x- en y-as van een ggplot-model aangepast worden.
Usage
plot2.axis(plot, axis, breaks = waiver(), date_breaks = waiver(),
minor_breaks = waiver(), date_minor_breaks = waiver(),
labels = waiver(), date_labels = waiver(), limits = NULL,
position = if_else(axis == "x", "bottom", "left"), log = FALSE,
trans = NULL)
Arguments
plot

Een ggplot-model waarvan de as(sen) aangepast moet(en) worden.

axis

As die aangepast moet worden: "x", "y", "xy" of c("x", "y").

breaks, date_breaks, minor_breaks, date_minor_breaks, labels, date_labels, limits, position, log
Zie scale_x_continuous, scale_x_discrete en scale_x_date voor alle mogelijkheden.
trans

Transformaties die gedaan kunnen worden aan een continuous schaal, zoals
"asn", "atanh", "boxcox", "exp", "identity", "log", "log10", "log1p",
"log2", "logit", "probability", "probit", "reciprocal", "reverse" en
"sqrt".

72

plot2.errorbar

plot2.elements

Lijst met elementen

Description
Lijst met mogelijke elementen die toegevoegd kunnen worden aan een plot2, door middel van
plot2.add.
Usage
plot2.elements()

plot2.errorbar

Foutbalken toevoegen aan grafiek

Description
Dit voegt foutbalken in op de aangegeven plaatsen.
Usage
plot2.errorbar(plot, ymin, ymax, x = colnames(plot$data)[1], size = 1,
linetype = 1, width = 0.33, colour = colourpicker("black", opacity =
0.5), type = "errorbar")
Arguments
plot
ymin, ymax, x
size
linetype
width
colour
type

De grafiek waaraan de lijn toegevoegd moet worden.
Kolomnaam in plot$data. Waarden met NA worden genegeerd.
Standaard is 1. Dikte van de lijnen in millimeters. Zie size.
Standaard is 2. Het type lijn. Uit linetype: 0 = blank, 1 = solid, 2 = dashed, 3 = dotted, 4 =
Standaard is 0.33. Breedte van de lijnen.
Standaard is colourpicker("black"). Kleur van de lijnen. Zie ook colourpicker.
Standaard is "errorbar". Geldige opties zijn "errorbar" en "ribbon".

Value
Een ggplot-model.
See Also
plot2
Examples
plot2(...) %>%
plot2.errorbar(ymin = "se_min",
ymax = "se_max")

plot2.interactive

73

plot2.interactive

Interactieve grafiek maken

Description
Dit maakt van een plot2-model een interactief plotly-model.
Usage
plot2.interactive(plot, ...)
Arguments
plot

Een ggplot-model.

...

Parameters die doorgegeven worden aan ggplotly.

plot2.listlayers

Weergeven van alle lagen van een ggplot-model

Description
Hiermee wordt een overzicht gegeven van alle lagen van een ggplot-model (of plot2).
Usage
plot2.listlayers(plot, as.data.frame = FALSE)
Arguments
plot

Een ggplot-model.

as.data.frame

Standaard is FALSE. Overzicht printen als data.frame.

Value
Tekst
Examples
## Not run:
plot2(..) %>%
plot2.listlayers()
## End(Not run)

74

plot2.map

plot2.map

Prevalentiegrafiek van tabel

Description
Dit plot adressen op een Google Maps kaart met prevalentiekleuren.
Usage
plot2.map(tbl, coord.round = 2, dot.size = 10, dot.alpha = 0.75,
text.show = TRUE, text.size = 4, text.colour = "white", print = FALSE,
colours = "prev")
Arguments
tbl

De tabel met gegevens die geplot moet worden. De tabel moet de kolommen
lat en lng bevatten.

coord.round

Standaard is 2. Afronden van coordinaten. Met minder decimalen krijgen coordinaten betrekking op een groter gebied. Punten met dezelfde coordinaten
worden opgeteld.

dot.size

Standaard is 10. Grootte van de stippen.

dot.alpha

Standaard is 0.75. De zichtbaarheid van de stippen, een waarden tussen 0 en 1.

text.show

Standaard is TRUE. Met FALSE worden alleen stippen weergegeven.

text.size

Standaard is 4. Grootte van de tekst in de stippen.

text.colour

Standaard is "white". Kleur van de tekst in de stippen.

print

Standaard is FALSE. Hiermee wordt de grafiek direct met print weergegeven.
Met FALSE kan de output gebruikt worden om door te geven aan een variabele.

colours

Standaard is "prev". Zie colourpicker.

Value
Een ggmap-model.
See Also
tbl_address gps_from_address
Examples
## Not run:
plot2.map(tbl = tbl_address("Van Swietenlaan 2, Groningen"))
## End(Not run)

plot2.movelayer

75

plot2.movelayer

Verplaatsen van een laag van een ggplot-model

Description
Hiermee kan een laag binnen een ggplot (plot2) verplaatst worden, zodat ook na het maken van een
plot toch de volgorde van de lagen veranderd kan worden.
Usage
plot2.movelayer(plot, layer = length(plot$layers), move, info = TRUE)
Arguments
plot

De grafiek waaraan de lijn toegevoegd moet worden.

layer

Standaard is de laatste laag. De index van de laag die verplaatst moet worden.

move

Een positief of negatief getal die aangeeft hoeveel posities de laag layer verplaatst moet worden.

info

Standaard is TRUE. Printen van de oude en nieuwe laagindeling.

Value
Een ggplot-model.
Examples
## Not run:
plot2(..) %>%
plot2.errorbar(..) %>%
plot2.movelayer(move = -2)
## End(Not run)

plot2.opendir

Map openen van laatste plot2.save().

Description
De locatie van de laatste plot2-grafiek openen in een nieuw scherm van Windows Verkenner.
Usage
plot2.opendir()
Details
De locatie van de laatste plot2-grafiek wordt opgeslagen met de functie options, onder variabele
plot2.lastsave. Daarom kan de locatie opgehaald worden met de functie getOption("plot2.lastsave")
of options()$plot2.lastsave.

76

plot2.pie

See Also
plot2.save

plot2.pie

Taartgrafiek van tabel

Description
Dit maakt een taartgrafiek met Certe-kleuren.
Usage
plot2.pie(data, x = NA, y = NA, title = NA, show.percent = TRUE,
show.count = FALSE, show.labels = TRUE, sort.size = TRUE, round = 2,
restgroup.threshold = 90, restgroup.info = TRUE, clockwise = TRUE,
colours = "certe", font.family = "Calibri", prefix.count = "n = ")
Arguments
data

Tabel met gegevens.

x

Standaard is de eerste kolom van data. Tekstlabels voor elke taartpunt.

y

Standaard is de tweede kolom van data. Gegevens voor de taartpunten.

title

Standaard is leeg. Titel van de grafiek.

show.percent

Standaard is TRUE. Onder de labels het percentage weergeven.

show.count

Standaard is FALSE. Onder de labels het aantal weergeven.

show.labels

Standaard is TRUE. Met FALSE worden helemaal geen labels weergegeven.

sort.size

Standaard is TRUE. De taartpunten sorteren van groot naar klein.

round

Standaard is 2. Aantal decimalen waarop de grootte van n afgerond moet worden.
restgroup.threshold
Standaard is 90. Het percentage dat gedefinieerd moet zijn voordat de rest onder
de restgroep gevat wordt (mits er meer dan 1 waarde over is). De restgroepgrootte is dus tussen de 0 en (100 - restgroup.threshold) procent. Gebruik
een waarde van NA of 100 om geen restgroep te maken. Waarden tussen 0 en 1
worden ook ondersteund.
restgroup.info Standaard is TRUE. Printen van de waarnemingen die in de restgroep vallen naar
de console.
clockwise

Standaard is TRUE. Gegevens met de klok mee weergeven.

colours

Standaard is "certe". Zie colourpicker.

font.family

Standaard is "Calibri". Het lettertype dat gebruikt moet worden voor tekst in
de grafiek.

Value
Grafiek

plot2.save

77

Examples
## Not run:
plot2.pie(mmb$aanvragen, mmb$artsnaam, 'Overzicht')
## End(Not run)

plot2.save

Grafiek opslaan op schijf

Description
Hiermee wordt een plot2-grafiek opgeslagen op de schijf in de huidige werkmap. Het bestandstype
wordt bepaald op basis van de extensie die gegeven wordt aan filename.
Usage
plot2.save(plot, width = 800,
text.factor = 1, filename =
format(Sys.time(), format =
".png"), selectdir = FALSE,

height = 500, size = NA, portrait = FALSE,
paste0(if_else(is.na(getplottitle(plot)),
"%Y%m%d-%H%M%S"), getplottitle(plot)),
returnplot = TRUE)

Arguments
plot
width
height
size

portrait
text.factor

filename

selectdir
returnplot

Grafiek die opgeslagen moet worden.
Standaard is 800. Breedte van de grafiek in pixels.
Standaard is 500. Hoogte van de grafiek in pixels.
Standaard is NA. Kan gebruikt worden in plaats van width en height om de
grootte aan te geven. Dit kan een waarde zijn als:
- "1200 * 800", voor een resolutie;
- "Office", "vector", "PowerPoint" of "Word" voor een vectorafbeelding
zonder kwaliteitsverlies (hierbij wordt altijd het .emf-bestandstype gebruikt);
- in geval van PDF: "A0" t/m "A6";
- een schermresolutie (niet-hoofdlettergevoelig): "SVGA", "XGA", "WXGA", "SXGA",
"HD", "WXGA", "WSXGA", "FHD", "FullHD", "WUXGA", "WQHD", "UltraHD" of
"4K".
Standaard is FALSE. Bij PDF de pagina staand (portrait) weergeven, wordt anders liggend (landscape).
Standaard is 1. Een factor tussen 0.5 en 2 die voor tekst in de grafiek gebruikt
wordt. Op basis hiervan wordt intern het aantal dots per inch (DPI) en afbeeldingsgrootte in inch berekend:
breedte (inch) = width / (text.factor * 100), en
hoogte (inch) = height / (text.factor * 100)
Standaard is de titel van plot of (wanneer deze niet beschikbaar is) de datum
en tijd op deze manier: "YYYYMMDD-hhmmss". Daarna wordt de extensie .png
toegevoegd. Wordt opgeslagen in de huidige werkmap, tenzij selectdir = TRUE.
De bestandsnaam kan eindigen op "png", "bmp", "jpeg", "tiff", "pdf", "svg",
"eps", "ps", "tex", "wmf" of "emf".
Standaard is FALSE. Een popup weergeven zodat de map geselecteerd kan worden.
Standaard is TRUE. De plot niet alleen opslaan, maar ook retourneren.

78

plot2.text

Details
De maplocatie van de plot2-grafiek die met deze functie opgeslagen wordt, wordt vastgelegd in de
functie options met de variabele plot2.lastsave. Zie plot2.opendir voor meer informatie.
See Also
plot2.opendir om de map te openen waarin de afbeelding geplaatst is en ggsave voor de functie
die intern gebruikt wordt.
Examples
## Not run:
tbl %>%
filter(...) %>%
group_by(...) %>%
summarise(...) %>%
plot2() %>%
plot2.save(1200, 800)
tbl %>%
plot2() %>%
plot2.save(size = "1200 * 800")
tbl %>%
plot2() %>%
plot2.save(size = "FullHD", text.factor = 1.25)
tbl %>%
plot2() %>%
plot2.save(size = "PowerPoint", filename = "Test") # will output `Test.emf`
## End(Not run)

plot2.text

Tekst toevoegen aan grafiek

Description
Dit voegt een annotatie toe aan een grafiek. De tekst wordt links uitgelijnd. BELANGRIJK: hiervoor moet een andere grafiekfunctie gebruikt worden met print = FALSE.
Usage
plot2.text(plot, text, y, x = 0.5, colour = "certeroze", fill = NA,
size = 4, bold = FALSE, formula = FALSE, font.family = "Calibri", ...)
Arguments
plot

De grafiek waaraan de tekst toegevoegd moet worden

text

De tekst die geplot moet worden.

y

Plaats op de y-as.

x

Standaard is "0.5". Plaats op de x-as.

pmax

79

colour

Standaard is colourpicker("certeroze"). Kleur van de tekst. Zie ook colourpicker.

fill

Standaard is NA. Kleur van de achtergrond. Zie ook colourpicker.

size

Standaard is "4". Grootte van de tekst.

bold

Standaard is FALSE. Tekst vetgedrukt maken.

formula

Standaard is FALSE. Wanneer de tekst een formule is (zoals text = "R^2 =="),
moet parse = TRUE gebruikt worden.

font.family

Standaard is "Calibri". Het lettertype dat gebruikt moet worden voor tekst in
de grafiek.

...

Andere parameters die doorgegeven worden aan layer.

Value
Een ggplot-model.
Examples
## Not run:
plot2.text('90e pct', 275)
## End(Not run)

pmax

Maxima and Minima

Description
Returns the (regular or parallel) maxima and minima of the input values.
pmax*() and pmin*() take one or more vectors as arguments, recycle them to common length and
return a single vector giving the ‘parallel’ maxima (or minima) of the argument vectors.
Usage
pmax(..., na.rm = TRUE)
Arguments
...

numeric or character arguments (see Note).

na.rm

a logical indicating whether missing values should be removed.

Details
max and min return the maximum or minimum of all the values present in their arguments, as
integer if all are logical or integer, as double if all are numeric, and character otherwise.
If na.rm is FALSE an NA value in any of the arguments will cause a value of NA to be returned,
otherwise NA values are ignored.
The minimum and maximum of a numeric empty set are +Inf and -Inf (in this order!) which
ensures transitivity, e.g., min(x1, min(x2)) == min(x1, x2). For numeric x max(x) == -Inf
and min(x) == +Inf whenever length(x) == 0 (after removing missing values if requested).
However, pmax and pmin return NA if all the parallel elements are NA even for na.rm = TRUE.

80

pmax
pmax and pmin take one or more vectors (or matrices) as arguments and return a single vector
giving the ‘parallel’ maxima (or minima) of the vectors. The first element of the result is the
maximum (minimum) of the first elements of all the arguments, the second element of the result is
the maximum (minimum) of the second elements of all the arguments and so on. Shorter inputs (of
non-zero length) are recycled if necessary. Attributes (see attributes: such as names or dim) are
copied from the first argument (if applicable, e.g., not for an S4 object).
pmax.int and pmin.int are faster internal versions only used when all arguments are atomic vectors and there are no classes: they drop all attributes. (Note that all versions fail for raw and complex
vectors since these have no ordering.)
max and min are generic functions: methods can be defined for them individually or via the Summary
group generic. For this to work properly, the arguments ... should be unnamed, and dispatch is on
the first argument.
By definition the min/max of a numeric vector containing an NaN is NaN, except that the min/max of
any vector containing an NA is NA even if it also contains an NaN. Note that max(NA, Inf) == NA
even though the maximum would be Inf whatever the missing value actually is.
Character versions are sorted lexicographically, and this depends on the collating sequence of the
locale in use: the help for ‘Comparison’ gives details. The max/min of an empty character vector
is defined to be character NA. (One could argue that as "" is the smallest character element, the
maximum should be "", but there is no obvious candidate for the minimum.)

Value
For min or max, a length-one vector. For pmin or pmax, a vector of length the longest of the input
vectors, or length zero if one of the inputs had zero length.
The type of the result will be that of the highest of the inputs in the hierarchy integer < double <
character.
For min and max if there are only numeric inputs and all are empty (after possible removal of NAs),
the result is double (Inf or -Inf).
S4 methods
max and min are part of the S4 Summary group generic. Methods for them must use the signature
x, ..., na.rm.
References
Becker, R. A., Chambers, J. M. and Wilks, A. R. (1988) The New S Language. Wadsworth &
Brooks/Cole.
See Also
range (both min and max) and which.min (which.max) for the arg min, i.e., the location where an
extreme value occurs.
‘plotmath’ for the use of min in plot annotation.

pmin

pmin

81

Maxima and Minima

Description
Returns the (regular or parallel) maxima and minima of the input values.
pmax*() and pmin*() take one or more vectors as arguments, recycle them to common length and
return a single vector giving the ‘parallel’ maxima (or minima) of the argument vectors.
Usage
pmin(..., na.rm = TRUE)
Arguments
...

numeric or character arguments (see Note).

na.rm

a logical indicating whether missing values should be removed.

Details
max and min return the maximum or minimum of all the values present in their arguments, as
integer if all are logical or integer, as double if all are numeric, and character otherwise.
If na.rm is FALSE an NA value in any of the arguments will cause a value of NA to be returned,
otherwise NA values are ignored.
The minimum and maximum of a numeric empty set are +Inf and -Inf (in this order!) which
ensures transitivity, e.g., min(x1, min(x2)) == min(x1, x2). For numeric x max(x) == -Inf
and min(x) == +Inf whenever length(x) == 0 (after removing missing values if requested).
However, pmax and pmin return NA if all the parallel elements are NA even for na.rm = TRUE.
pmax and pmin take one or more vectors (or matrices) as arguments and return a single vector
giving the ‘parallel’ maxima (or minima) of the vectors. The first element of the result is the
maximum (minimum) of the first elements of all the arguments, the second element of the result is
the maximum (minimum) of the second elements of all the arguments and so on. Shorter inputs (of
non-zero length) are recycled if necessary. Attributes (see attributes: such as names or dim) are
copied from the first argument (if applicable, e.g., not for an S4 object).
pmax.int and pmin.int are faster internal versions only used when all arguments are atomic vectors and there are no classes: they drop all attributes. (Note that all versions fail for raw and complex
vectors since these have no ordering.)
max and min are generic functions: methods can be defined for them individually or via the Summary
group generic. For this to work properly, the arguments ... should be unnamed, and dispatch is on
the first argument.
By definition the min/max of a numeric vector containing an NaN is NaN, except that the min/max of
any vector containing an NA is NA even if it also contains an NaN. Note that max(NA, Inf) == NA
even though the maximum would be Inf whatever the missing value actually is.
Character versions are sorted lexicographically, and this depends on the collating sequence of the
locale in use: the help for ‘Comparison’ gives details. The max/min of an empty character vector
is defined to be character NA. (One could argue that as "" is the smallest character element, the
maximum should be "", but there is no obvious candidate for the minimum.)

82

preset

Value
For min or max, a length-one vector. For pmin or pmax, a vector of length the longest of the input
vectors, or length zero if one of the inputs had zero length.
The type of the result will be that of the highest of the inputs in the hierarchy integer < double <
character.
For min and max if there are only numeric inputs and all are empty (after possible removal of NAs),
the result is double (Inf or -Inf).
S4 methods
max and min are part of the S4 Summary group generic. Methods for them must use the signature
x, ..., na.rm.
References
Becker, R. A., Chambers, J. M. and Wilks, A. R. (1988) The New S Language. Wadsworth &
Brooks/Cole.
See Also
range (both min and max) and which.min (which.max) for the arg min, i.e., the location where an
extreme value occurs.
‘plotmath’ for the use of min in plot annotation.

preset

Voorgedefinieerde variabelen selecteren

Description
Dit downloadt bestanden uit de map Sys.getenv("R_REFMAP") die de structuur preset_*.sql
hebben. Gebruik een of meerdere van deze (zelf te maken) bestanden als parameter select_preset
in de functies certedb_getmmb en certedb_getmmb_tat. Zie Details.
Usage
preset.list(prefix = FALSE)
preset.exists(name)
preset.read(name)
preset.add(name, vector)
preset.thisfolder()
Arguments
prefix
name
vector

Standaard is FALSE. Bestandsnamen weergeven met prefix prefix_.
Tekst(vector) om te zoeken in de map Sys.getenv("R_REFMAP").
Tekst(vector) met kolomnamen die opgeslagen moet worden als nieuwe preset.
Deze kunnen geselecteerd worden met db.

print.data.frame

83

Details
Gebruik:
- preset.list voor het weergeven van alle presets in de map Sys.getenv("R_REFMAP");
- preset.add voor het toevoegen van een nieuwe preset;
- preset.read voor het uitlezen van een preset;
- preset.thisfolder voor het weergeven van de eerst gevonden preset in de huidge map;
- preset.exists voor toetsen of een preset bestaat.

print.data.frame

Printing Data Tables and Tibbles

Description
Print a data table or tibble. It prints:
- The first and last rows like data.tables are printed by the data.table package,
- A header and left aligned text like tibbles are printed by the tibble package with info about
grouped variables,
- Unchanged values and support for row names like data.frames are printed by the base package.
Usage
## S3 method for class 'data.frame'
print(x, nmax = 10, header = TRUE, row.names = TRUE,
right = FALSE, width = 1, na = "", ...)
Arguments
x

object of class data.frame.

nmax

amount of rows to print in total. When the total amount of rows exceeds this
limit, the first and last nmax / 2 rows will be printed. Use nmax = NA to print
all rows.

header

print header with information about data size and tibble grouping

row.names

logical (or character vector), indicating whether (or what) row names should be
printed.

right

logical, indicating whether or not strings should be right-aligned. The default is
right-alignment.

width

amount of white spaces to keep between columns, must be at least 1

na

value to print instead of NA

...

optional arguments to print or plot methods.

84

prod

prod

Product of Vector Elements

Description
prod returns the product of all the values present in its arguments.
Usage
prod(..., na.rm = TRUE)
Arguments
...

numeric or complex or logical vectors.

na.rm

logical. Should missing values be removed?

Details
If na.rm is FALSE an NA value in any of the arguments will cause a value of NA to be returned,
otherwise NA values are ignored.
This is a generic function: methods can be defined for it directly or via the Summary group generic.
For this to work properly, the arguments ... should be unnamed, and dispatch is on the first
argument.
Logical true values are regarded as one, false values as zero. For historical reasons, NULL is accepted
and treated as if it were numeric(0).
Value
The product, a numeric (of type "double") or complex vector of length one. NB: the product of an
empty set is one, by definition.
S4 methods
This is part of the S4 Summary group generic. Methods for it must use the signature x, ..., na.rm.
References
Becker, R. A., Chambers, J. M. and Wilks, A. R. (1988) The New S Language. Wadsworth &
Brooks/Cole.
See Also
sum, cumprod, cumsum.
‘plotmath’ for the use of prod in plot annotation.

project_dashboard

85

project_dashboard

Project Dashboard

Description
Dit opent een Shiny-applicatie voor projectmanagement van Certe.
Usage
project_dashboard(active_path = NULL)

qc.test

Kwaliteitsanalyse o.b.v. Nelson, Westgard of anders

Description
Met deze functie kan een gegevensreeks getoetst worden op kwaliteitsregels. Daarnaast wordt
getoetst of er een significante lineaire trend bestaat.
Usage
qc.test(x, dates = rep(NA, length(x)), m = mean(x), s = sd(x),
round = 2, type = "Nelson", text.show = TRUE, plot.show = TRUE,
title = paste("Kwaliteitscontrole volgens", type), subtitle = "",
subtitle.colour = colourpicker("certeblauw"), plot.withoutrule1 = FALSE,
plot.print = TRUE, x.lbl = "Waarneming", y.lbl = "Waarde",
markdown = FALSE, force = FALSE)
nelson.test(x, ...)
westgard.test(x, ...)
plot2.qcc(x, ..., plot.print = FALSE)
Arguments
x

Gegevensreeks.

dates

Standaard is rep(NA, length(x)). Datums van gegevenswaarden.

m

Standaard is mean(x). Gemiddelde van x dat gebruikt wordt in de kwaliteitsregels.

s

Standaard is sd(x). Standaardafwijking van x dat gebruikt wordt in de kwaliteitsregels.

round

Standaard is 2. Aantal decimalen waarop alle getallen afgerond worden.

type

Standaard is "Nelson". Geldige opties zijn "Nelson", "Westgard", "AIAG",
"Montgomery" of "Healthcare". Zie Rules list (onderaan) voor meer informatie.

text.show

Standaard is TRUE. Tekstanalyse weergeven.

86

qry
plot.show

Standaard is TRUE. Grafiek weergeven met gemiddelde (zie mean), EWMA (zie
ewma), 1-3x de standaardafwijking (zie sd) en de waarnemingen met eventueel
overtreden kwaliteitsregels.

title

Standaard is paste("Kwaliteitscontrole volgens", type). Titel van de
toets en de grafiek. Tekst tussen sterretjes wordt cursief gemaakt.

subtitle

Standaard is "". Ondertitel van de grafiek. Tekst tussen sterretjes wordt cursief
gemaakt.

subtitle.colour

Standaard is colourpicker("certeblauw"). Zie ook colourpicker. Kleur
van de ondertitel.
plot.withoutrule1
Standaard is FALSE. Als regel 1 overtreden wordt (zie nelson.rule1), de plot
opnieuw weergeven met data zonder deze waarnemingen.
plot.print

Standaard is TRUE. De grafiek direct printen met de functie print. Met FALSE
wordt de grafiek als ggplot-model geretourneerd.

x.lbl

Standaard is "Waarneming". De tekst op de x-as.

y.lbl

Standaard is "Waarde". De tekst op de y-as.

markdown

Standaard is FALSE. Tekstanalyse afdrukken in markdown-formaat met tbl_markdown.

force

Standaard is FALSE. Bij grote afwijkingen wordt de analyse gestaakt. Gebruik
deze optie om de analyse te forceren.

...

Parameters die doorgegeven worden aan qc.test.

Rules list
Voor parameter type:
Nelson (N), Westgard (W), AIAG (A), Montgomery (M), Healthcare (H):
—————————————————————————————
#1 Waarnemingen >3 sd
#2 Reeks van >= n waarnemingen aan dezelfde kant van het gemiddelde
#3 Strikte toename of afname bij >=n waarnemingen op een rij
#4 n waarnemingen op een rij alternerend (gemiddelde of toename/afname)
#5 n-1 van de n >2 sd van gemiddelde in dezelfde richting
#6 n-1 van de n >1 sd van gemiddelde in dezelfde richting
#7 >=n waarnemingen op een rij binnen 1 sd van het gemiddelde
#8 >=n waarnemingen op een rij allen buiten 1sd

N
—–
1
9
6
14
3
5
15
8

W
—–
1
9
3
5
-

A
—–
1
7
6
14
3
5
15
8

M
—–
1
8
6
14
3
5
15
8

Bron: https://www.qimacros.com/control-chart/nelson-juran-rules.jpg

qry

Query van een object

Description
Hiermee kan snel de eigenschap (attribute) qry van een object weergegeven worden of aan een object toegewezen worden. Deze eigenschap worden altijd toegewezen aan de output van certedb_query
en vóór toewijzing gevalideerd.

H
—–
1
8
6
3
15
-

quantile

87

Usage
qry(x)
qry(x) <- value
Arguments
x

Object.

value

Waarde om toe te kennen.

Examples
## Not run:
data <- certedb_query("SELECT * FROM certemm_ord LIMIT 1")
qry(data)
## End(Not run)

quantile

Steekproefkwantielen volgens SPSS met na.rm = TRUE

Description
Zie quantile. Er wordt een beschrijving gegeven bij de gekozen methode (parameter type). Type
6 is de manier volgens SPSS dat hier standaard gekozen is om aan te sluiten bij SPSS-gebruikers.
Type 7 is de standaard manier volgens R (en daarvoor S). Type 8 wordt aangeraden door de auteurs
van de quantile-functie: prof. dr. Rob Hyndman et al. (1996, 2004).
Usage
quantile(x, ..., na.rm = TRUE, type = 6, info = TRUE)
Arguments
x, ..., na.rm, type
Parameters die doorgegeven worden aan quantile.
info

range

Standaard is TRUE. Tekstuitleg bij type geven.

Range of Values

Description
range returns a vector containing the minimum and maximum of all the given arguments.
Usage
range(..., na.rm = TRUE)

88

rdate

Arguments
...

any numeric or character objects.

na.rm

logical, indicating if NA’s should be omitted.

Details
range is a generic function: methods can be defined for it directly or via the Summary group generic.
For this to work properly, the arguments ... should be unnamed, and dispatch is on the first
argument.
If na.rm is FALSE, NA and NaN values in any of the arguments will cause NA values to be returned,
otherwise NA values are ignored.
If finite is TRUE, the minimum and maximum of all finite values is computed, i.e., finite = TRUE
includes na.rm = TRUE.
A special situation occurs when there is no (after omission of NAs) nonempty argument left, see
min.% Extremes.Rd
S4 methods
This is part of the S4 Summary group generic. Methods for it must use the signature x, ..., na.rm.
References
Becker, R. A., Chambers, J. M. and Wilks, A. R. (1988) The New S Language. Wadsworth &
Brooks/Cole.
See Also
min, max.
The extendrange() utility in package grDevices.

rdate

Willekeurige datum

Description
Retourneert een vector met willekeurige dates binnen een bepaald bereik. Datums kunnen meerdere
keren voorkomen. Standaard worden dates gesorteerd van oud naar nieuw.
Usage
rdate(x, min = paste0(format(Sys.Date(), "%Y"), "-01-01"),
max = paste0(format(Sys.Date(), "%Y"), "-12-31"), sort = TRUE)
Arguments
x

Aantal dates

min

Standaard is de eerste dag van dit jaar. Eerste mogelijke datum.

max

Standaard is de laatste dag van dit jaar. Laatste mogelijke datum.

sort

Standaard is TRUE. Sorteert de dates van oud naar nieuw.

remember

89

Source
sample, seq

remember

Waarde tijdelijk opslaan in Global Environment

Description
Dit kan gebruikt worden in een dplyr-syntax om een waarde later in de syntax te herinneren. Werkt
voor maximaal 5 waarden, die tijdelijk naar de Global Environment opgeslagen worden.
Usage
remember(.data, tmp_1 = NA, tmp_2 = NA, tmp_3 = NA, tmp_4 = NA,
tmp_5 = NA)
recall(tmp = 1, delete = TRUE)
Arguments
.data
Tabel die na de functie weer ongewijzigd doorgegeven wordt.
tmp_1, tmp_2, tmp_3, tmp_4, tmp_5
Standaard is NA. Waarde die onthouden moet worden. Kan ook een functie zijn
die over tbl berekend wordt.
tmp

Standaard is 1. Waarde die opgehaald moet worden.

delete

Standaard is TRUE. Waarde na recall() weer verwijderen.

Details
Waarden kunnen geslagen worden met remember() en opgehaald (en verwijderd) worden met
recall().
Examples
## Not run:
tbl %>%
filter(...) %>%
remember(nrow(.)) %>%
group_by(...) %>%
summarise(...) %>%
plot2(title = "Test",
subtitle = paste("n =",
recall()))
tbl %>%
filter(...) %>%
remember(tmp_1 = nrow(.)) %>%
group_by(...) %>%
summarise(...) %>%
plot2(title = "Test",
subtitle = paste("n =",
recall(tmp = 1)))

90

rr_ewma

## End(Not run)

rr_ewma

Omgekeerd gerecombineerde exponentieel gewogen zwevend gemiddelde (rrEWMA)

Description
Deze Reversed-Recombined EWMA is een aanpassing van de ewma-functie door het gemiddelde
te berekenen van een EWMA die van het begin tot het einde van een reeks berekend is, met een
EWMA die van het einde tot het begin van een reeks berekend is.

Usage
rr_ewma(x, lambda, m = mean(x))

Arguments
x

Gegevensreeks.

lambda

Het gewicht dat gegeven worden aan het meest recente rationele subgroepgemiddelde.

m

Standaard is mean(x). Gemiddelde van de reeks van x.

Value
Lijst.

See Also
ewma

Examples
## Not run:
rr_ewma(x, 0.9)
## End(Not run)

rsi_table

rsi_table

91

Gevoeligheidstabel maken tussen ziekenhuizen

Description
Maakt een tabel van een gevoeligheidsvergelijking tussen ziekenhuizen. Voert een G-test uit bij
>1000 observaties of een Exact-test bij minder.
Usage
rsi_table(ab_list, hospitalname, df_all, df_thishospital = NULL,
df_otherhospitals = NULL)
Arguments
ab_list
Lijst met antibiotica. Zie antibiotics.
hospitalname
Naam van het ziekenhuis dat met andere ziekenhuizen vergeleken wordt.
df_all
data.frame met alle gegevens.
df_thishospital
data.frame met alle gegevens van het te onderzoeken ziekenhuis.
df_otherhospitals
data.frame met alle gegevens van de overige ziekenhuizen.
See Also
g.test die uitgevoerd bij > 1000 observaties; exact.test die uitgevoerd bij <= 1000 observaties.
Examples
## Not run:
rsi_table(ab_list, 'MZ', df)
## End(Not run)

SaveAsVersion

Huidig document opslaan als nieuwe versie

Description
Hiermee wordt het geopende document opgeslagen als nieuwe versie. Er wordt automatisch een
hoger versienummer en daarnaast de initialen van de huidige gebruiker toegevoegd.
Usage
SaveAsVersion(myname = Sys.getenv("R_USERNAME"), olddir = "Oude versies")
Arguments
myname
olddir

Standaard is Sys.getenv("R_USERNAME"). De naam van de huidige gebruiker.
Standaard is "Oude versies". De map in de huidige map waarnaar oude versies
verplaatst worden.

92

se

sd

Standard Deviation

Description
This function computes the standard deviation of the values in x. If na.rm is TRUE then missing
values are removed before computation proceeds.
Usage
sd(x, na.rm = TRUE)
Arguments
x

a numeric vector or an R object which is coercible to one by as.double(x).

na.rm

logical. Should missing values be removed?

Details
Like var this uses denominator n − 1.
The standard deviation of a zero-length vector (after removal of NAs if na.rm = TRUE) is not defined
and gives an error. The standard deviation of a length-one vector is NA.
See Also
var for its square, and mad, the most robust alternative.

se

Standaardfout met na.rm = TRUE

Description
De standaardfout-berekening: de sd / wortel(lengte), of de wortel(variantie / lengte). Lege waarden
worden genegeerd met na.rm = TRUE en na.omit(x).
Usage
se(x, na.rm = TRUE)
Arguments
x

Waarde.

na.rm

Standaard is TRUE. Lege waarden negeren.

Value
Waarde

sha1

93

sha1

Vectorized hash/hmac functions

Description
All hash functions either calculate a hash-digest for key == NULL or HMAC (hashed message authentication code) when key is not NULL. Supported inputs are binary (raw vector), strings (character
vector) or a connection object.

Usage
sha1(x, key = NULL)
Arguments
x

character vector, raw vector or connection object.

key

string or raw vector used as the key for HMAC hashing

Details
Functions are vectorized for the case of character vectors: a vector with n strings returns n hashes.
When passing a connection object, the contents will be stream-hashed which minimizes the amount
of required memory. This is recommended for hashing files from disk or network.
The sha2 family of algorithms (sha224, sha256, sha384 and sha512) is generally recommended for
sensitive information. While sha1 and md5 are usually sufficient for collision-resistant identifiers,
they are no longer considered secure for cryptographic purposes.
In applications where hashes should be irreversible (such as names or passwords) it is often recommended to use a random key for HMAC hashing. This prevents attacks where we can lookup hashes
of common and/or short strings. See examples. A common special case is adding a random salt to
a large number of records to test for uniqueness within the dataset, while simultaneously rendering
the results incomparable to other datasets.
The blake2b and blake2s algorithms are only available if your system has libssl 1.1 or newer.
Source
sha1 uit het pakket openssl.
References
Digest types: https://www.openssl.org/docs/manmaster/man1/dgst.html

94

sha2

sha2

Vectorized hash/hmac functions

Description
All hash functions either calculate a hash-digest for key == NULL or HMAC (hashed message authentication code) when key is not NULL. Supported inputs are binary (raw vector), strings (character
vector) or a connection object.
Usage
sha2(x, size = 256, key = NULL)
Arguments
x

character vector, raw vector or connection object.

size

must be equal to 224 256 384 or 512

key

string or raw vector used as the key for HMAC hashing

Details
Functions are vectorized for the case of character vectors: a vector with n strings returns n hashes.
When passing a connection object, the contents will be stream-hashed which minimizes the amount
of required memory. This is recommended for hashing files from disk or network.
The sha2 family of algorithms (sha224, sha256, sha384 and sha512) is generally recommended for
sensitive information. While sha1 and md5 are usually sufficient for collision-resistant identifiers,
they are no longer considered secure for cryptographic purposes.
In applications where hashes should be irreversible (such as names or passwords) it is often recommended to use a random key for HMAC hashing. This prevents attacks where we can lookup hashes
of common and/or short strings. See examples. A common special case is adding a random salt to
a large number of records to test for uniqueness within the dataset, while simultaneously rendering
the results incomparable to other datasets.
The blake2b and blake2s algorithms are only available if your system has libssl 1.1 or newer.
Source
sha2 uit het pakket openssl.
References
Digest types: https://www.openssl.org/docs/manmaster/man1/dgst.html

sha256

95

sha256

Vectorized hash/hmac functions

Description
All hash functions either calculate a hash-digest for key == NULL or HMAC (hashed message authentication code) when key is not NULL. Supported inputs are binary (raw vector), strings (character
vector) or a connection object.

Usage
sha256(x, key = NULL)
Arguments
x

character vector, raw vector or connection object.

key

string or raw vector used as the key for HMAC hashing

Details
Functions are vectorized for the case of character vectors: a vector with n strings returns n hashes.
When passing a connection object, the contents will be stream-hashed which minimizes the amount
of required memory. This is recommended for hashing files from disk or network.
The sha2 family of algorithms (sha224, sha256, sha384 and sha512) is generally recommended for
sensitive information. While sha1 and md5 are usually sufficient for collision-resistant identifiers,
they are no longer considered secure for cryptographic purposes.
In applications where hashes should be irreversible (such as names or passwords) it is often recommended to use a random key for HMAC hashing. This prevents attacks where we can lookup hashes
of common and/or short strings. See examples. A common special case is adding a random salt to
a large number of records to test for uniqueness within the dataset, while simultaneously rendering
the results incomparable to other datasets.
The blake2b and blake2s algorithms are only available if your system has libssl 1.1 or newer.
Source
sha256 uit het pakket openssl.
References
Digest types: https://www.openssl.org/docs/manmaster/man1/dgst.html

96

sha512

sha512

Vectorized hash/hmac functions

Description
All hash functions either calculate a hash-digest for key == NULL or HMAC (hashed message authentication code) when key is not NULL. Supported inputs are binary (raw vector), strings (character
vector) or a connection object.

Usage
sha512(x, key = NULL)
Arguments
x

character vector, raw vector or connection object.

key

string or raw vector used as the key for HMAC hashing

Details
Functions are vectorized for the case of character vectors: a vector with n strings returns n hashes.
When passing a connection object, the contents will be stream-hashed which minimizes the amount
of required memory. This is recommended for hashing files from disk or network.
The sha2 family of algorithms (sha224, sha256, sha384 and sha512) is generally recommended for
sensitive information. While sha1 and md5 are usually sufficient for collision-resistant identifiers,
they are no longer considered secure for cryptographic purposes.
In applications where hashes should be irreversible (such as names or passwords) it is often recommended to use a random key for HMAC hashing. This prevents attacks where we can lookup hashes
of common and/or short strings. See examples. A common special case is adding a random salt to
a large number of records to test for uniqueness within the dataset, while simultaneously rendering
the results incomparable to other datasets.
The blake2b and blake2s algorithms are only available if your system has libssl 1.1 or newer.
Source
sha512 uit het pakket openssl.
References
Digest types: https://www.openssl.org/docs/manmaster/man1/dgst.html

size.env

97

size.env

Grootte van Global Environment

Description
Retourneert een tabel met de grootte in MB van alle elementen in het Global Environment.

Usage
size.env(min.MB = 1)

Arguments
min.MB

Standaard is 1. Alleen weergeven vanaf dit aantal MB’s.

size_humanreadable

Bytes weergeven in kB/MB/GB

Description
De bestandsgrootte (als double) weergeven als kB/MB/GB.

Usage
size_humanreadable(bytes, decimals = 1)

Arguments
bytes

Grootte als getal

decimals

Aantal tekens achter de komma.

Examples
size_humanreadable(123456) # 121 kB
size_humanreadable(12345678) # 11.8 MB

98

spread

split.every.n

Splitsen in vaste breedte

Description
Hiermee kan een tekst of getal gesplitst worden op elk aangegeven aantal tekens.
Usage
## S3 method for class 'every.n'
split(x, n)
Arguments
x

Tekst of getal

n

De input x splitsen op elke n tekens.

Examples
256 %>%
256 %>%
"Certe"
"Certe"

spread

split.every.n(1) # c(2, 5, 6)
split.every.n(2) # c(25, 6)
%>% split.every.n(1) # c("C", "e", "r", "t", "e")
%>% split.every.n(4) # c("Cert", "e")

Spread a key-value pair across multiple columns.

Description
Spread a key-value pair across multiple columns.
Usage
spread(data, key, value, fill = NA, convert = FALSE, drop = TRUE,
sep = NULL)
Arguments
data

A data frame.

key

Column names or positions. This is passed to tidyselect::vars_pull().
These arguments are passed by expression and support quasiquotation (you can
unquote column names or column positions).

value

Column names or positions. This is passed to tidyselect::vars_pull().
These arguments are passed by expression and support quasiquotation (you can
unquote column names or column positions).

fill

If set, missing values will be replaced with this value. Note that there are two
types of missingness in the input: explicit missing values (i.e. NA), and implicit
missings, rows that simply aren’t present. Both types of missing value will be
replaced by fill.

str2

99
convert

If TRUE, type.convert() with asis =
TRUE will be run on each of the new
columns. This is useful if the value column was a mix of variables that was
coerced to a string. If the class of the value column was factor or date, note
that will not be true of the new columns that are produced, which are coerced to
character before type conversion.

drop

If FALSE, will keep factor levels that don’t appear in the data, filling in missing
combinations with fill.

sep

If NULL, the column names will be taken from the values of key variable. If nonNULL, the column names will be given by "".

Source
spread uit het pakket tidyr.

str2

Structuur en inhoud van R-object bekijken

Description
Dit lijkt op str, maar analyseert een dataframe helemaal en retourneert ook het aantal unieke waarden en de beschikbaarheid per kolom.
Usage
str2(object, format.NL = Sys.isdecimalcomma())
Arguments
object

Een R object.

format.NL

Standaard is Sys.isdecimalcomma(), zie Sys.isdecimalcomma. Hiermee worden getallen met een komma als decimaal teken weergegeven.

See Also
str
ls.str
summary

strip_name

Verwijderen van titel en voorletters van naam

Description
Dit transformeert een naam als "Dhr AA van der Molen" naar "V/d Molen" en een naam als
"Prof dr AB Jansen" naar "Jansen". Verwijdert alle academische titels voor de naam (Prof, Dr,
Ir, enz) en achter de naam (Ph.D., MD, enz.) en ook Nederlandse voor- en achtervoegsels zoals
Mw, Dhr en Jr of Sr.

100

strsplit.select

Usage
strip_name(name)
Arguments
name

Naam van persoon

Value
Tekst
Examples
## Not run:
tbl$artsnaam <- strip_name(tbl$artsnaam)
## End(Not run)

strsplit.select

Splits tekst en selecteer element

Description
Splits tekst en selecteer element
Usage
strsplit.select(x, element, split = " ", fixed = FALSE, perl = FALSE,
useBytes = FALSE)
Arguments
x

character vector, each element of which is to be split. Other inputs, including a
factor, will give an error.

element

The nth element that should be returned.

split

character vector (or object which can be coerced to such) containing regular
expression(s) (unless fixed = TRUE) to use for splitting. If empty matches
occur, in particular if split has length 0, x is split into single characters. If
split has length greater than 1, it is re-cycled along x.

fixed

logical. If TRUE match split exactly, otherwise use regular expressions. Has
priority over perl.

perl

logical. Should Perl-compatible regexps be used?

useBytes

logical. If TRUE the matching is done byte-by-byte rather than character-bycharacter, and inputs with marked encodings are not converted. This is forced
(with a warning) if any input is found which is marked as "bytes" (see Encoding).

See Also
strsplit

sum

101

Examples
## Not run:
tbl %>%
mutate(genus = strsplit.select(microorganisme, 1),
species = strsplit.select(microorganisme, 2))
## End(Not run)

sum

Sum of Vector Elements

Description
sum returns the sum of all the values present in its arguments.
Usage
sum(..., na.rm = TRUE)
Arguments
...

numeric or complex or logical vectors.

na.rm

logical. Should missing values (including NaN) be removed?

Details
This is a generic function: methods can be defined for it directly or via the Summary group generic.
For this to work properly, the arguments ... should be unnamed, and dispatch is on the first
argument.
If na.rm is FALSE an NA or NaN value in any of the arguments will cause a value of NA or NaN to be
returned, otherwise NA and NaN values are ignored.
Logical true values are regarded as one, false values as zero. For historical reasons, NULL is accepted
and treated as if it were integer(0).
Loss of accuracy can occur when summing values of different signs: this can even occur for
sufficiently long integer inputs if the partial sums would cause integer overflow. Where possible
extended-precision accumulators are used, but this is platform-dependent.
Value
The sum. If all of ... are of type integer or logical, then the sum is integer, and in that case the
result will be NA (with a warning) if integer overflow occurs. Otherwise it is a length-one numeric
or complex vector.
NB: the sum of an empty set is zero, by definition.
S4 methods
This is part of the S4 Summary group generic. Methods for it must use the signature x, ..., na.rm.
‘plotmath’ for the use of sum in plot annotation.

102

summary_interactive

References
Becker, R. A., Chambers, J. M. and Wilks, A. R. (1988) The New S Language. Wadsworth &
Brooks/Cole.
See Also
colSums for row and column sums.

summary

summary met tibble check

Description
Zie voor verdere informatie summary.
Usage
summary(object, ...)
Arguments
object

R-object.

...

Parameters die doorgegeven kunnen worden aan summary.

summary_interactive

Interactive summary

Description
Dit opent een Shiny-applicatie voor interactieve samenvatting van alle data van een tibble of dataframe.
Typ de tekst van een object in een document of in de Console en selecteer de optie in het menu
Addins (of stel het in als sneltoets, bijvoorbeeld F2).
Usage
summary_interactive(dfname = NA)
Arguments
dfname

Standaard is leeg. Een object of de naam ervan. Controleert eerst of er een tekst
geselecteerd is in een document, of dat er tekst in de Console staat.

sumofsquares

103

sumofsquares

Sum of Squares (kwadratensom)

Description
Dit berekent de Sum of Squares.
Usage
sumofsquares(x, correct_mean = TRUE, na.rm = TRUE)
Arguments
x

Data

correct_mean

Standaard is TRUE. Gebruik TRUE om te corrigeren voor het gemiddelde, waarmee
de som bepaald van ieder kwadraat van x waar het gemiddelde van x eerst
afgetrokken is, zodat dit iets zegt over de spreiding van de data. Met FALSE
worden simpelweg alle x^2 bij elkaar opgeteld, zodat dit iets zegt over de ligging van de data.

na.rm

Standaard is TRUE. Lege waarden negeren.

See Also
https://www.thoughtco.com/sum-of-squares-formula-shortcut-3126266

Sys.isdecimalcomma

Controleer of de locale West-Europees is

Description
Deze functie wordt gebruikt binnen andere functies van certedata om te controleren of de systeemtaal West-Europees is, om vervolgens getallen en datums zodanig op te maken (bijv. komma
als scheidingsteken bij getallen). Zie Source voor de lijst met landen die hieronder vallen.
Usage
Sys.isdecimalcomma()
Value
logical
Source
https://en.wikipedia.org/wiki/Decimal_mark#Countries_using_Arabic_numerals_with_
decimal_comma

104

tbl_anonymise

tbl_address

Tabel maken van adressen

Description
Hiermee worden adressen omgezet naar een tbl met het adres, de lengte- en de breedtegraad.
Usage
tbl_address(address)
Arguments
address

Een of meerdere adressen om naar te zoeken. Mag alles zijn dat Google Maps
begrijpt (zelfs "Certe", dit wordt vertaald naar Damsterdiep 191, Groningen).

Value
Tabel

tbl_anonymise

Verwijderen van privacygevoelige kolommen

Description
Verwijdert de volgende kolommen uit een dataframe: geslachtsnaam, naam, achternaam, geboortedatum,
postcode, plaats, woonplaats, provincie, en "lastname", "name", "dob", "birthdate" en
"city".
Usage
tbl_anonymise(tbl)
Arguments
tbl

Dataframe met gegevens.

Value
data.frame
Examples
## Not run:
tbl <- tbl_anonymise(tbl)
## End(Not run)

tbl_binary2logical

105

tbl_binary2logical

Binaire kolommen transformeren naar logical

Description
Hiermee worden kolommen die uitsluitend waarden 0 en 1 bevatten, omgezet naar de class logical.
Usage
tbl_binary2logical(tbl)
Arguments
tbl

Tabel waarvan kolommen getransformeerd moeten worden.

tbl_first_isolates

Bepaling eerste isolaten

Description
Hiermee worden direct alle eerste isolaten toegevoegd aan een tabel, zie first_isolate.
Usage
tbl_first_isolates(tbl, col_date = "ontvangstdatum",
col_patient_id = "patidnb", col_bactid = "bacteriecode",
col_genus = "genus", col_species = "species", col_testcode = NA,
col_specimen = "mtrlgroep", col_icu = "is_ic", episode_days = 365,
testcodes_exclude = "", icu_exclude = FALSE, output_logical = TRUE,
ignore_I = TRUE, info = TRUE, timestamp = FALSE)
Arguments
tbl

Een data.frame met isolaten.

col_date

Standaard is "ontvangstdatum". De kolomnaam van de datum van ontvangst
of uitslag.

col_patient_id Standaard is "patidnb". De kolomnaam van de unieke ID’s van de patient.
col_bactid

Standaard is "bacteriecode". De kolomnaam van de bacteriecodes voor het
bepalen van sleutelantibiotica.

col_genus

Standaard is "genus". De kolomnaam van de genus van het micro-organisme.

col_species

Standaard is "species". De kolomnaam van de species van het micro-organisme.

col_testcode

Standaard is "testcode". De kolomnaam van de testcode van de order. Gebruik
col_testcode = NA om de testcodes niet als exclusiecriterium te gebruiken. In
dit geval wordt testcodes_exclude genegeerd.

col_specimen

Standaard is "mtrlgroep". De kolomnaam van de materiaalgroep van de order.

col_icu

Standaard is "is_ic". De kolomnaam van de logical of een afdeling/aanvrager
bij de Intensive Care hoort.

106

tbl_first_isolates
episode_days

Standaard is 365. De episode in dagen waarna een isolaat opnieuw een ’eerste
isolaat’ genoemd moet worden.
testcodes_exclude
Standaard is leeg. De lijst met testcodes waarvan de isolaten genegeerd moeten
worden (hoofdletterONgevoelig). Gebruik voor het uitsluiten van screeningskweken
testcodes_exclude = c("KARE", "KBRMO", "KESBL", "KMNS", "KMR", "KMRP", "KVRE", "KWA2
icu_exclude

Standaard is FALSE. Negeert alle isolaten waarbij col_icu == TRUE.

output_logical Standaard is TRUE. Geeft een resultaatset terug met waarden TRUE of FALSE, of
anders de waarden 0 of 1.
info

Standaard is TRUE. Printen van voortgang.

timestamp
Standaard is FALSE. Printen van timestamp.
points_threshold
Standaard is 1. points until the comparison of key antibiotics will lead to inclusion of an isolate, see Details.
Details
To compare key antibiotics, the difference between antimicrobial interpretations will be measured.
A difference from I to S|R (or vice versa) means 0.5 points. A difference from S to R (or vice versa)
means 1 point. When the sum of points exceeds points_threshold, an isolate will be (re)selected
as a first weighted isolate.
Value
tabel
Examples
## Not run:
# snel alles toevoegen:
tbl <- tbl_first_isolates(tbl)
# of per type (AMR-pakket):
tbl$sleutelab <- key_antibiotics(tbl)
tbl$eerste_isolaat "))
Arguments
tbl

Tabel.

datenames

Standaard is "en". Taal van de datenames (zoals weekdagen en maanden).

dateformat

Standaard is "%Y-%m-%d". Accepteert ook Excel-formaten, zoals "dd-mm-yy"
en "dd-mm-jjjj".

timeformat

Standaard is "%H:%M". Accepteert ook Excel-formaten, zoals "HH:MM:SS".

decimal.mark

Standaard is ".". Scheidingsteken voor decimale getallen.

big.mark

Standaard is "". Groepsteken voor getallen, zoals 1.000.000.

timezone

Standaard is "Europe/Amsterdam". Zomertijd is gelijk aan CEST (Central European Summer Time) en loopt 2 uur voor op UTC, wintertijd is gelijk aan CET
(Central European Time) en loopt 1 uur voor op UTC.

na

Standaard is c("", "NULL", "NA", ""). Waarden die vertaald moeten
worden als NA.

Value
Met behoud van oorspronkelijke class: data.frame (forceert geen tibble)

108

tbl_markdown

tbl_markdown

Tabel printen in Markdown, LaTeX of HTML

Description
Drukt een tabel af (forceert print) in Markdown, LaTeX of HTML m.b.v. kable, met standaard
vette kolomnamen en naar Nederlands getransformeerde formaten voor datums, getallen en percentages.
Usage
tbl_markdown(tbl, row.names = FALSE, column.names = colnames(tbl),
align = NULL, padding = 2, caption = "", na = "",
format.tbl = "markdown", format.dates = "dd-mm-yyyy",
format.NL = Sys.isdecimalcomma(), columns.percent = NA,
columns.bold = TRUE, round.numbers = 2, round.percent = 1,
newlines.leading = 2, newlines.trailing = 2)
Arguments
tbl

Een data.frame met gegevens.

row.names

Standaard is FALSE. Weer te geven rijnamen.

column.names

Standaard is colnames(tabel). Weer te geven kolomnamen.

align

Standaard is NULL, waardoor kolommen met getallen rechts worden uitgelijnd
en andere kolommen links worden uitgelijnd.

padding

Standaard is 2. Extra ruimte in de cellen.

caption

Standaard is "". Bijschrift bij de tabel.

na

Standaard is "". Tekst voor ontbrekende waarden.

format.tbl

Standaard is "markdown". Geldige opties zijn "latex", "html", "markdown",
"pandoc" en "rst".

format.dates

Standaard is "dd-mm-yyyy". Zie format2.

format.NL

Standaard is Sys.isdecimalcomma(), zie Sys.isdecimalcomma. Hiermee worden getallen met een komma als decimaal teken weergegeven.

columns.percent

Standaard is NA. De kolomindices weergeven als percentage met format2. Voorbeeld: columns.percent = c(2, 3). Makkelijk is om deze kolommen vooraf
te transformeren met as.percent, zo blijven de bronwaarden namelijk gelijk.

columns.bold

Standaard is TRUE. Kolomnamen vet weergeven.

round.numbers

Standaard is 2. Aantal decimalen om op af te ronden bij getallen.

round.percent

Standaard is 1. Aantal decimalen om op af te ronden wanneer columns.percent
gebruikt wordt.
newlines.leading
Standaard is 2. Aantal witregels om te printen voor de tabel.
newlines.trailing
Standaard is 2. Aantal witregels om te printen na de tabel.

tbl_removeNULLs

109

Details
Wanneer in een R Markdown-rapport een tabel met deze functie voorafgegaan wordt door een ander
object (zoals een grafiek), printen de kolomkoppen alleen goed wanneer newlines.leading >= 2,
of door handmatig gebruik van cat("\n\n") alvorens de tabel te printen.

Value
Tekst

See Also
kable

tbl_removeNULLs

Vervangen van "NULL" door NA in een dataframe

Description
Retourneert een dataframe waarin alle velden met "NULL" vervangen zijn door NA.

Usage
tbl_removeNULLs(tbl)

Arguments
tbl

Dataframe met gegevens.

Value
data.frame

Examples
## Not run:
tbl <- tbl_removeNULLs(tbl)
## End(Not run)

110

theme_certe

templatedoc

Referentiedocumenten voor analyses en rapporten

Description
Een set van verschillende sjablonen die gebruikt kunnen worden voor analyses en rapporten.
Usage
templatedoc(type = "refdoc")
Arguments
type

Standaard is "refdoc". Het type sjabloon dat gebruikt moet worden. Geldige
opties zijn "refdoc", "certeblauw", "certegeel", "certegroen", "certelila".

Examples
#
#
#
#
#
#
#
#
#

Begin van een Rmd-document (R Markdown):
--title: "Titel"
subtitle: "Ondertitel"
output:
word_document:
reference_docx: "" # <- hier het resultaat van templatedoc()
---

theme_certe

Certe-thema voor ggplot-grafieken

Description
Hiermee kan aan een ggplot-model het Certe-thema meegegeven worden.
Usage
theme_certe(subtitle.colour = colourpicker("certeblauw"), x.lbl.angle = 0,
x.lbl.align = 0.5, horizontal = FALSE, font.family = "Calibri",
legend.position = "top", text.factor = 1,
x.category.fill = colourpicker(NA), x.category.bold = TRUE,
x.category.size = 10)
Arguments
subtitle.colour

x.lbl.angle

Standaard is colourpicker("certeblauw"). Kleur van de ondertitel. Zie
colourpicker.
Standaard is 0. De hoek in graden waaronder de labels van de x-as weergegeven
worden. Gebruik voor verticale weergave een hoek van 90 (richting onder naar
boven) of 270 (richting boven naar onder).

theme_certe

111

x.lbl.align

Standaard is 0.5, waardoor er centraal uitgelijnd wordt. Andere geldige opties
zijn "links", "midden" en "rechts".

horizontal

Standaard is FALSE. Voor horizontale orientatie van kolommen of boxplots. Met
TRUE worden de lijnen van de y-as vervangen door lijnen op de x-as.

font.family

Standaard is "Calibri". Het lettertype dat gebruikt wordt voor tekst in de
grafiek.

legend.position

text.factor
x.category.fill

Standaard is "top". Geldige opties zijn "none" ("geen"), "left" ("links"),
"right" ("rechts"), "top" ("boven"), "bottom" ("onder"), of een vector met
2 cijfers: bijv. legend.position = c(0, 0) voor linksonder of legend.position = c(1, 1)
voor rechtsboven.
Standaard is 1. Factor van de grootte van alle tekst.

Standaard is "certeblauw3". Kleur die doorgegeven wordt aan colourpicker.

Details
Zonder theme_certe():

Met theme_certe():

112

toproper

Value
Thema
Examples
## Not run:
ggplot(tbl, aes(x = col1, y = col2)) + theme_certe()
## End(Not run)

toproper

Transformeren naar Zoals een zin.

unmelt

113

Description
Dit transformeert de hoofdletters van een tekst naar de vorm "Zoals een zin." of, wanneer every.word = TRUE
wordt gebruikt, "Zoals Een Zin.".
Usage
toproper(text, every.word = FALSE, intelligent = FALSE)
Arguments
text

De tekst die getransformeerd moet worden

every.word

Standaard is FALSE. Ieder woord met een hoofdletter laten beginnen.

intelligent

Standaard is FALSE. Woorden van maximaal 4 tekens met maximaal 1 klinker
niet transformeren (zoals "MCL" en "UMCG"), en 1-letterwoorden niet capitaliseren.

Value
Tekst
Examples
tolower("TJONGERSCHANS") # wordt "tjongerschans"
toupper("Tjongerschans") # wordt "TJONGERSCHANS"
toproper("TJONGERSCHANS") # wordt "Tjongerschans"
toproper(c("TJONGERSCHANS", "ANTONIUS", "MCL", "UMCG"))
# wordt c("Tjongerschans", "Antonius", "Mcl", "Umcg")
toproper(c("TJONGERSCHANS", "ANTONIUS", "MCL", "UMCG"), intelligent = TRUE)
# wordt c("Tjongerschans", "Antonius", "MCL", "UMCG")

unmelt

Unmelt

Description
Doet het tegenovergestelde van melt.
Usage
unmelt(x, id = colnames(x)[1], variables = colnames(x)[2])
Arguments
x

Tabel

id

Standaard is de eerste kolom. De kolomnaam die blijft staan

variabele

Standaard is de tweede kolom. De kolom waarvan de unieke waarden nieuwe
kolommen worden

114

var

update_certedata

Dit R-pakket updaten

Description
Hiermee wordt de laatste versie van certedata geinstalleerd, zoals die gevonden wordt in de map
van de omgevingsvariabele R_REFMAP.
Usage
update_certedata(force = FALSE, GitHub = FALSE, version = "master")
Arguments
force

Standaard is FALSE. Forceert het installeren, waarmee bijv. dezelfde versie overschreven kan worden.

GitHub

Standaard is FALSE. Gebruik de laatste versie van GitHub, in plaats van de laatste
locale versie.

version

Standaard is "master". Wordt gebruikt als GitHub == TRUE.

Examples
## Not run:
update_certedata()
## End(Not run)

var

Correlation, Variance and Covariance (Matrices)

Description
var, cov and cor compute the variance of x and the covariance or correlation of x and y if these are
vectors. If x and y are matrices then the covariances (or correlations) between the columns of x and
the columns of y are computed.
cov2cor scales a covariance matrix into the corresponding correlation matrix efficiently.
Usage
var(x, ..., na.rm = TRUE)
Arguments
x

a numeric vector, matrix or data frame.

...

Parameters die doorgegeven worden aan cor.

na.rm

logical. Should missing values be removed?

var

115

Details
For cov and cor one must either give a matrix or data frame for x or give both x and y.
The inputs must be numeric (as determined by is.numeric: logical values are also allowed for
historical compatibility): the "kendall" and "spearman" methods make sense for ordered inputs
but xtfrm can be used to find a suitable prior transformation to numbers.
var is just another interface to cov, where na.rm is used to determine the default for use when that is
unspecified. If na.rm is TRUE then the complete observations (rows) are used (use = "na.or.complete")
to compute the variance. Otherwise, by default use = "everything".
If use is "everything", NAs will propagate conceptually, i.e., a resulting value will be NA whenever
one of its contributing observations is NA.
If use is "all.obs", then the presence of missing observations will produce an error. If use is
"complete.obs" then missing values are handled by casewise deletion (and if there are no complete
cases, that gives an error).
"na.or.complete" is the same unless there are no complete cases, that gives NA. Finally, if use
has the value "pairwise.complete.obs" then the correlation or covariance between each pair of
variables is computed using all complete pairs of observations on those variables. This can result in
covariance or correlation matrices which are not positive semi-definite, as well as NA entries if there
are no complete pairs for that pair of variables. For cov and var, "pairwise.complete.obs" only
works with the "pearson" method. Note that (the equivalent of) var(double(0), use = *) gives
NA for use = "everything" and "na.or.complete", and gives an error in the other cases.
The denominator n − 1 is used which gives an unbiased estimator of the (co)variance for i.i.d.
observations. These functions return NA when there is only one observation (whereas S-PLUS has
been returning NaN), and fail if x has length zero.
For cor(), if method is "kendall" or "spearman", Kendall’s τ or Spearman’s ρ statistic is used to
estimate a rank-based measure of association. These are more robust and have been recommended
if the data do not necessarily come from a bivariate normal distribution.
For cov(), a non-Pearson method is unusual but available for the sake of completeness. Note that
"spearman" basically computes cor(R(x), R(y)) (or cov(., .)) where R(u) := rank(u, na.last = "keep").
In the case of missing values, the ranks are calculated depending on the value of use, either based
on complete observations, or based on pairwise completeness with reranking for each pair.
When there are ties, Kendall’s τb is computed, as proposed by Kendall (1945).
Scaling a covariance matrix into a correlation one can be achieved in many ways, mathematically
most appealing by multiplication with a diagonal matrix from left and right, or more efficiently
by using sweep(.., FUN = "/") twice. The cov2cor function is even a bit more efficient, and
provided mostly for didactical reasons.
Value
For r <- cor(*, use = "all.obs"), it is now guaranteed that all(abs(r) <= 1).
References
Becker, R. A., Chambers, J. M. and Wilks, A. R. (1988) The New S Language. Wadsworth &
Brooks/Cole.
Kendall, M. G. (1938) A new measure of rank correlation, Biometrika 30, 81–93. https://dx.
doi.org/10.1093/biomet/30.1-2.81
Kendall, M. G. (1945) The treatment of ties in rank problems. Biometrika 33 239–251. https:
//dx.doi.org/10.1093/biomet/33.3.239

116

vector2ratio

See Also
cor.test for confidence intervals (and tests).
cov.wt for weighted covariance computation.
sd for standard deviation (vectors).

vector2ratio

Vector transformeren volgens ratio

Description
Een vector transformeren naar een vooraf ingestelde ratio.
Usage
vector2ratio(x, ratio)
Arguments
x

Vector met waarden.

ratio

Vector met ratio’s van, en met dezelfde lengte als, x (zoals ratio = c(1, 2, 1))
of tekst met tekens ":", "-" of "," (zoals ratio = "1:2:1" of zelfs ratio = "1:2:1.25").

Source
Voor de voorbeelden:
McDonald, J.H. 2014. Handbook of Biological Statistics, 3rd ed. Sparky House Publishing, Baltimore, Maryland.
http://www.biostathandbook.com/gtestgof.html
See Also
g.test
Examples
#
#
#
#
#
#
#
#

= EXAMPLE 1 =
Shivrain et al. (2006) crossed clearfield rice (which are resistant
to the herbicide imazethapyr) with red rice (which are susceptible to
imazethapyr). They then crossed the hybrid offspring and examined the
F2 generation, where they found 772 resistant plants, 1611 moderately
resistant plants, and 737 susceptible plants. If resistance is controlled
by a single gene with two co-dominant alleles, you would expect a 1:2:1
ratio.

x <- c(772, 1611, 737)
x.expected <- vector2ratio(x, ratio = "1:2:1")
x.expected
# 780 1560 780
g.test(x, x.expected)
# p = 0.12574.

vlookup

117

# There is no significant difference from a 1:2:1 ratio.
# Meaning: resistance controlled by a single gene with two co-dominant
# alleles, is plausible.
#
#
#
#
#
#

= EXAMPLE 2 =
Red crossbills (Loxia curvirostra) have the tip of the upper bill either
right or left of the lower bill, which helps them extract seeds from pine
cones. Some have hypothesized that frequency-dependent selection would
keep the number of right and left-billed birds at a 1:1 ratio. Groth (1992)
observed 1752 right-billed and 1895 left-billed crossbills.

x <- c(1752, 1895)
x.expected <- vector2ratio(x, ratio = c(1, 1))
x.expected
# 1823.5 1823.5
g.test(x, x.expected)
# p = 0.01787343
# There is a significant difference from a 1:1 ratio.
# Meaning: there are significantly more left-billed birds.

vlookup

Verticaal zoeken naar waarde in tabel

Description
Dit is een vrije exacte nabouw van de functie VLOOKUP (of VERT.ZOEKEN in Nederlands) van Microsoft Excel.
Usage
vlookup(lookup_value, table_array, col_index_num, range_lookup = FALSE,
search_column = 1)
Arguments
lookup_value

The value you want to look up, also called the lookup value.

table_array

The range where the lookup value is located. Remember that the lookup value
should always be in the first column in the range for VLOOKUP to work correctly.

col_index_num

The column number in the range that contains the return value.

range_lookup

Optionally, you can specify TRUE if you want an approximate match or FALSE
if you want an exact match of the return value.

search_column

Zie het schuingedrukte deel van de tweede parameter. Dit is R, dus dat bepalen
we zelf even.

Source
https://support.office.com/en-us/article/VLOOKUP-function-0bbc8083-26fe-4963-8ab8-93a18ad188a1

118

%===%

year

Get/set years component of a date-time

Description
Date-time must be a POSIXct, POSIXlt, Date, Period, chron, yearmon, yearqtr, zoo, zooreg, timeDate, xts, its, ti, jul, timeSeries, and fts objects.
isoyear() returns years according to the ISO 8601 week calendar.
epiyear() returns years according to the epidemilogical week calendars.
Usage
year(x)
Arguments
x

a date-time object

Details
year does not yet support years before 0 C.E.
Value
the years element of x as a decimal number
Source
year uit het pakket lubridate.
References
http://en.wikipedia.org/wiki/ISO_week_date http://www.cmmcp.org/epiweek.htm

%===%

Test Objects for Exact Equality

Description
The safe and reliable way to test two objects for being exactly equal. It returns TRUE in this case,
FALSE in every other case.
Usage
x %===% y
Arguments
x

any R objects.

y

any R objects.

%===%

119

Details
A call to identical is the way to test exact equality in if and while statements, as well as in
logical expressions that use && or ||. In all these applications you need to be assured of getting a
single logical value.
Users often use the comparison operators, such as == or !=, in these situations. It looks natural,
but it is not what these operators are designed to do in R. They return an object like the arguments.
If you expected x and y to be of length 1, but it happened that one of them was not, you will not
get a single FALSE. Similarly, if one of the arguments is NA, the result is also NA. In either case, the
expression if(x == y).... won’t work as expected.
The function all.equal is also sometimes used to test equality this way, but was intended for
something different: it allows for small differences in numeric results.
The computations in identical are also reliable and usually fast. There should never be an error.
The only known way to kill identical is by having an invalid pointer at the C level, generating a
memory fault. It will usually find inequality quickly. Checking equality for two large, complicated
objects can take longer if the objects are identical or nearly so, but represent completely independent
copies. For most applications, however, the computational cost should be negligible.
If single.NA is true, as by default, identical sees NaN as different from NA_real_, but all NaNs
are equal (and all NA of the same type are equal).
Character strings are regarded as identical if they are in different marked encodings but would agree
when translated to UTF-8.
If attrib.as.set is true, as by default, comparison of attributes view them as a set (and not a
vector, so order is not tested).
If ignore.bytecode is true (the default), the compiled bytecode of a function (see cmpfun) will
be ignored in the comparison. If it is false, functions will compare equal only if they are copies of
the same compiled object (or both are uncompiled). To check whether two different compiles are
equal, you should compare the results of disassemble().
You almost never want to use identical on datetimes of class "POSIXlt": not only can different
times in the different time zones represent the same time and time zones have multiple names, but
several of the components are optional.
Note that identical(x, y, FALSE, FALSE, FALSE, FALSE) pickily tests for exact equality.
Value
A single logical value, TRUE or FALSE, never NA and never anything other than a single value.
References
Chambers, J. M. (1998) Programming with Data. A Guide to the S Language. Springer.
See Also
all.equal for descriptions of how two objects differ; Comparison for operators that generate elementwise comparisons. isTRUE is a simple wrapper based on identical.

Index
plot2.map, 74
plot2.pie, 76
plot2.text, 78
theme_certe, 110
∗Topic chi
chi2.test, 20
crosstab, 28
exact.test, 34
g.test, 39
∗Topic citation
citations, 21
∗Topic cit
citations, 21
∗Topic coefficient
cqv, 27
cv, 28
midhinge, 55
∗Topic colour.list
plot2, 66
∗Topic contingency
crosstab, 28
∗Topic cqv
cqv, 27
cv, 28
∗Topic cv
cqv, 27
cv, 28
∗Topic datalabels.round
plot2, 66
∗Topic datalabels
plot2, 66
∗Topic datasets
codonlist, 22
db, 31
∗Topic data
plot2, 66
∗Topic date
date_generic, 29
∗Topic datum
date_generic, 29
∗Topic display
str2, 99
∗Topic eerste

∗Topic API
maps_api_key, 49
∗Topic CQV
cqv, 27
cv, 28
∗Topic CV
cqv, 27
cv, 28
∗Topic Google
maps_api_key, 49
∗Topic IQR
midhinge, 55
∗Topic aantal
colourpicker, 23
∗Topic ab
abname_molis, 5
∗Topic address
gps_from_address, 41
tbl_address, 104
∗Topic adist
diff.text, 32
∗Topic adres
maps_api_key, 49
plot2.map, 74
∗Topic age
age.group, 6
∗Topic anoniem
tbl_anonymise, 104
∗Topic anonymise
tbl_anonymise, 104
∗Topic antibiotics
abname_molis, 5
antibiotics_list, 8
∗Topic api
maps_api_key, 49
∗Topic bins
plot2, 66
∗Topic case
toproper, 112
∗Topic chart
plot2, 66
plot2.add, 70
plot2.errorbar, 72
120

INDEX
tbl_first_isolates, 105
∗Topic error
se, 92
∗Topic ewma
ewma, 33
rr_ewma, 90
∗Topic excel
import.excel, 44
∗Topic exporteren
export.csv, 35
export.excel, 36
export.R, 36
∗Topic export
export.csv, 35
export.excel, 36
export.R, 36
∗Topic fit
lin.reg, 48
∗Topic font.family
plot2, 66
theme_certe, 110
∗Topic font
install.fonts, 46
∗Topic formaat
date_generic, 29
∗Topic format.NL
plot2, 66
∗Topic format
date_generic, 29
∗Topic gegevens
export.clipboard, 35
export.csv, 35
export.excel, 36
export.R, 36
import, 42
import.clipboard, 43
import.excel, 44
import.R, 44
∗Topic ggplot
theme_certe, 110
∗Topic grafiek
plot2, 66
plot2.map, 74
plot2.pie, 76
plot2.text, 78
theme_certe, 110
∗Topic hoofdletters
toproper, 112
∗Topic hoofdletter
toproper, 112
∗Topic horizontal
plot2, 66

121
theme_certe, 110
∗Topic importeren
export.clipboard, 35
import, 42
import.clipboard, 43
import.excel, 44
import.R, 44
∗Topic import
export.clipboard, 35
import, 42
import.clipboard, 43
import.excel, 44
import.R, 44
∗Topic input
inputname, 45
∗Topic interval
conf.lvl, 27
∗Topic isolaat
tbl_first_isolates, 105
∗Topic isolaten
tbl_first_isolates, 105
∗Topic kable
tbl_markdown, 108
∗Topic kleur
colour.name, 22
colourpicker, 23
∗Topic knitr
tbl_markdown, 108
∗Topic leeftijd
age, 6
∗Topic legend.position
plot2, 66
theme_certe, 110
∗Topic lettertype
install.fonts, 46
∗Topic levenshtein
diff.text, 32
∗Topic lijn
plot2.add, 70
plot2.errorbar, 72
plot2.text, 78
∗Topic linreg
lin.reg, 48
∗Topic mean
mean_geometric, 53
mean_harmonic, 53
rdate, 88
∗Topic midhinge
midhinge, 55
∗Topic name
strip_name, 99
∗Topic na

122
tbl_removeNULLs, 109
∗Topic nelson
nelson.defaultminrun, 58
nelson.rule1, 58
nelson.rule2, 59
nelson.rule3, 60
nelson.rule4, 60
nelson.rule5, 61
nelson.rule6, 62
nelson.rule7, 63
nelson.rule8, 63
nelson.text, 64
qc.test, 85
∗Topic null
tbl_removeNULLs, 109
∗Topic palette
colourpicker, 23
∗Topic pie
plot2.pie, 76
∗Topic plot2
plot2.add, 70
plot2.errorbar, 72
∗Topic plot
plot2, 66
plot2.add, 70
plot2.errorbar, 72
plot2.map, 74
plot2.pie, 76
plot2.text, 78
∗Topic print
plot2, 66
∗Topic proper
toproper, 112
∗Topic qcc
qc.test, 85
∗Topic qc
qc.test, 85
∗Topic quantile
quantile, 87
∗Topic referentie
citations, 21
∗Topic ref
citations, 21
∗Topic rr_ewma
ewma, 33
rr_ewma, 90
∗Topic rrewma
ewma, 33
rr_ewma, 90
∗Topic rstudio
citations, 21
∗Topic size

INDEX
plot2, 66
∗Topic smooth
plot2, 66
∗Topic som
sumofsquares, 103
∗Topic split
split.every.n, 98
∗Topic spreiding
cqv, 27
cv, 28
∗Topic squared
crosstab, 28
∗Topic stackedpercent
plot2, 66
∗Topic stacked
plot2, 66
∗Topic standard
cqv, 27
cv, 28
midhinge, 55
se, 92
∗Topic str2
str2, 99
∗Topic str
str2, 99
∗Topic subtitle.colour
theme_certe, 110
∗Topic subtitle
plot2, 66
∗Topic summary
lin.reg, 48
str2, 99
∗Topic sum
sumofsquares, 103
∗Topic tabel
tbl_markdown, 108
∗Topic table
crosstab, 28
∗Topic tekens
diff.text, 32
∗Topic tekst
diff.text, 32
∗Topic tint
colourpicker, 23
∗Topic title
plot2, 66
∗Topic tolower
toproper, 112
∗Topic toproper
toproper, 112
∗Topic toupper
toproper, 112

INDEX
∗Topic type
plot2, 66
∗Topic update
update_certedata, 114
∗Topic url
citations, 21
∗Topic variantie
midhinge, 55
∗Topic variatie
cqv, 27
cv, 28
∗Topic var
cqv, 27
cv, 28
midhinge, 55
∗Topic verschil
diff.text, 32
∗Topic westgard
qc.test, 85
∗Topic x.lbl,y.lbl
plot2, 66
∗Topic x.lbl.align
plot2, 66
theme_certe, 110
∗Topic x.lbl.angle
plot2, 66
theme_certe, 110
∗Topic x.remove
plot2, 66
∗Topic x
plot2, 66
∗Topic y.24h
plot2, 66
∗Topic y.age
plot2, 66
∗Topic y.category
plot2, 66
∗Topic y.percent
plot2, 66
∗Topic y.remove
plot2, 66
∗Topic y.scale
plot2, 66
∗Topic y
plot2, 66
.C, 47
.Fortran, 47
.Machine, 47
%===%, 118
abname_molis, 5
adist, 32
age, 6

123
age.group, 6, 67
all, 7, 9
all.equal, 119
antibiotics, 5, 91
antibiotics_list, 8
any, 7, 8
as.basenumber, 9
as.data.frame(), 10
as.double, 10, 46
as.double2 (is.double2), 46
as.mic, 107
as.percent, 10, 27, 28, 108
as.rsi, 107
as.tibble, 10, 10
as.vector, 47
attributes, 50, 56, 80, 81
boxplot.stats, 37
cast, 55
cbind, 10
certedb, 11, 18
certedb_check_tbls, 12
certedb_checkmmb_mtrlcodes, 12
certedb_checkmmb_testcodes
(certedb_checkmmb_mtrlcodes),
12
certedb_close, 11, 13
certedb_getmmb, 13, 18, 82
certedb_getmmb_tat, 82
certedb_getmmb_tat (certedb_getmmb), 13
certedb_query, 11–13, 15, 17, 19, 86
certedb_tbls, 19
chi2.test, 20, 35, 40
choose.dir, 21
choose.files, 21
citations, 21
class, 47
cmpfun, 119
codonlist, 22
colMeans, 52
color.name (colour.name), 22
colorpicker (colourpicker), 23
colors, 23
colour.name, 22
colourpicker, 23, 67, 68, 70, 72, 74, 76, 79,
86, 110, 111
colSums, 102
Comparison, 50, 57, 80, 81, 119
complete_rows, 25
concat, 26
conf.lvl, 27
cor, 114

124
cor.test, 116
cov.wt, 116
cqv, 27, 29, 56
crosstab, 28, 34, 39, 49
cumprod, 84
cumsum, 84
cv, 27, 28
data.frame(), 10
data_generic, 39
Date, 54
date, 52
date-time, 52
date_generic, 29, 38, 43
day, 30, 31
db, 14, 15, 31, 82
dbConnect(), 13
DBIConnection, 13
diff.text, 32
dim, 50, 56, 80, 81
disassemble, 119
double, 47, 50, 56, 79, 81
dplyr::select(), 40
dump, 35
element, 33
Encoding, 100
ewma, 33, 86, 90
exact.test, 20, 34, 45, 91
export.clipboard, 35
export.csv, 35
export.csv2 (export.csv), 35
export.excel, 36
export.R, 36, 44
extendrange, 88
facet_wrap, 66
factor, 47
filter_group_size, 37
first_isolate, 105
fivenum, 37
format2, 38, 108
g.test, 20, 35, 39, 45, 91, 116
gather, 40, 41
getplottitle, 41
ggplotly, 73
ggsave, 78
gps_from_address, 41, 49, 74
heat.colors, 23
import, 42, 43
import.clipboard, 43

INDEX
import.csv, 43
import.csv2, 43
import.excel, 44
import.R, 36, 44
import.tsv, 43
independence.test, 45
Inf, 37
inputname, 45
install.fonts, 46, 69
integer, 48, 50, 56, 79, 81
interpretive_reading, 14
IQR, 37
is.double, 46
is.double2, 46
is.numeric, 115
is.percent (as.percent), 10
isTRUE, 119
kable, 108, 109
layer, 79
lin.reg, 48
linetype, 72
list, 19
ls.str, 99
mad, 92
manual, 48
maps_api_key, 42, 49
matrix, 20, 28, 34, 39, 49
matrix.2x2, 28, 34, 39, 49
max, 50, 88
md5, 51, 52
mday(), 31
mean, 52, 53, 86
mean.POSIXct, 52
mean_geometric, 53
mean_harmonic, 53
median, 37, 54
melt, 55, 55, 113
melt.array, 55
melt.data.frame, 55
melt.list, 55
midhinge, 27, 29, 55
min, 56, 88
mode, 47
month, 57, 58
NA, 37, 88, 115
NA_real_, 119
names, 50, 56, 80, 81
NaN, 37, 47, 119
nelson.defaultminrun, 58, 59–64

INDEX
nelson.rule1, 58, 59–64, 86
nelson.rule2, 59, 59, 60–64
nelson.rule3, 59, 60, 60, 61–64
nelson.rule4, 59, 60, 60, 61–64
nelson.rule5, 59–61, 61, 62–64
nelson.rule6, 59–62, 62, 63, 64
nelson.rule7, 59–63, 63, 64
nelson.rule8, 59–63, 63, 64
nelson.test (qc.test), 85
nelson.text, 64
numeric, 47, 48, 88
options, 75
p.symbol, 65
parse_guess, 107
pivot, 65
plot, 67
plot2, 66, 70, 72
plot2.add, 70, 72
plot2.axis, 71
plot2.elements, 70, 72
plot2.errorbar, 72
plot2.interactive, 73
plot2.listlayers, 73
plot2.map, 49, 69, 74
plot2.movelayer, 70, 75
plot2.opendir, 75, 78
plot2.pie, 69, 76
plot2.qcc (qc.test), 85
plot2.save, 69, 76, 77
plot2.text, 78
plotmath, 51, 57, 80, 82, 84, 101
pmax, 79
pmin, 81
preset, 82
preset.list, 14
preset.thisfolder, 14
primitive, 7, 8
print, 108
print.data.frame, 83
prod, 84
project_dashboard, 85
qc.test, 85
qry, 13, 17, 86
qry<- (qry), 86
quantile, 37, 54, 55, 87, 87
quasiquotation, 40, 66, 98
rainbow, 23
range, 37, 51, 57, 80, 82, 87
rdate, 88

125
readRDS, 44
recall (remember), 89
regular expression, 100
remember, 89
rlang::quo_name(), 40
rr_ewma, 34, 90
rsi_table, 91
sample, 49, 89
SaveAsVersion, 91
saveRDS, 36
scale_x_continuous, 71
scale_x_date, 71
scale_x_discrete, 71
sd, 86, 92, 116
se, 92
seq, 89
sha1, 93, 93
sha2, 94, 94
sha256, 95, 95
sha512, 96, 96
size, 72
size.env, 97
size_humanreadable, 97
split.every.n, 98
spread, 98, 99
stopifnot, 7
storage.mode, 47, 48
str, 99
str2, 99
strip_name, 99
strsplit, 100
strsplit.select, 100
sum, 84, 101
Summary, 7–9, 50, 51, 57, 80–82, 84, 88, 101
summary, 99, 102, 102
summary_interactive, 102
sumofsquares, 103
sweep, 115
Sys.isdecimalcomma, 39, 69, 99, 103, 108
tbl_address, 49, 74, 104
tbl_anonymise, 104
tbl_binary2logical, 18, 105
tbl_first_isolates, 105
tbl_guess_columns, 18, 107
tbl_markdown, 86, 108
tbl_removeNULLs, 109
templatedoc, 110
terrain.colors, 23
theme_certe, 110
tibble, 107
tidyselect::vars_pull(), 98

126
tidyselect::vars_select(), 40
time interval, 52
tolower, 5
topo.colors, 23
toproper, 112
type, 47
type.convert(), 40, 99
unmelt, 113
update_certedata, 114
var, 92, 114
vector2ratio, 34, 39, 116
viridis, 23
vlookup, 117
weighted.mean, 52
westgard.test (qc.test), 85
which.min, 51, 57, 80, 82
xtfrm, 115
yday(), 31
year, 118, 118

INDEX



---

Source Exif Data:

File Type                       : PDF
File Type Extension             : pdf
MIME Type                       : application/pdf
PDF Version                     : 1.5
Linearized                      : No
Page Count                      : 126
Page Mode                       : UseOutlines
Author                          : 
Title                           : 
Subject                         : 
Creator                         : LaTeX with hyperref package
Producer                        : pdfTeX-1.40.18
Create Date                     : 2018:04:27 20:46:19+02:00
Modify Date                     : 2018:04:27 20:46:19+02:00
Trapped                         : False
PTEX Fullbanner                 : This is MiKTeX-pdfTeX 2.9.6354 (1.40.18)

EXIF Metadata provided by EXIF.tools